ツールのインストール

From Pitagora-Galaxy Wiki
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Tool Shed からツールをインストールする方法について記載しています。

ツール毎のインストールの注意は [ツールとワークフロー]の各ツールのページを参照してください。

Tool Shed を使用する準備

Tool Shed を利用して依存関係のあるツールのインストール (Tool Dependency) を可能にするためには、 ツールのインストールの前に以下の手順を実施します。

universe_wsgi.iniの以下の2つのパラメータを設定します。

$ cd galaxy-dist
$ vi universe_wsgi.ini

tool_config_file = tool_conf.xml,shed_tool_conf.xml
tool_dependency_dir = ../tool_dependency

次の2つのファイルの [tool_path]が [../shed_tools]に設定されていることを確認します。

  • shed_tool_conf.xml の編集
$ more shed_tool_conf.xml

<toolbox tool_path="../shed_tools">
  • migrated_tools_conf.xml の編集
$ more migrated_tools_conf.xml

<toolbox tool_path="../shed_tools">

Galaxyを再起動します。

$ ./run.sh --stop
$ ./run.sh --daemon

初回のツールのインストール時に、自動的に次の2つのディレクトリが作成されていることを確認します。

  • $HOME/shed_tools
  • $HOME/tool_dependency

参照先 Tool Shed の追加

tool_sheds_conf.xmlを以下のように編集し、参照するTool shedを追加します。

$ vi tool_sheds_conf.xml

<tool_shed name="Pitagora tool shed" url="http://toolshed.pitagora-galaxy.org/"/>

次の画面に追加した Tool shed が表示されることを確認します。

Admin > Tool sheds / Search and browse tool sheds

Tool shed を使ったツールのインストール

  1. Galaxy画面上部のメニュー [Admin] を選択します。
  2. 画面左側の[Tool sheds]タブの [Search and browse tool sheds] を選択します。
  3. [Galaxy main tool shed] を選択します。 ※1
  4. インストールしたいツールを検索/選択します。
  5. ツールのプルダウン [Preview and install]を選択します。
  6. インストール内容を確認し、 [Install to Galaxy]を選択します。
  7. ツールのsectionを設定し [Install]を選択します。 ※2
  8. ツールのインストールが開始され、Statusに緑色の“Installed”が表示されると完了します。 ※3
※1 インストールするツールによって選択先を変更してください。
※2 ツールによって [Handle tool dependencies]項目がsection項目の上に出てきます。
その場合チェックを入れ、 [Install]を選択してください。事前設定が出来ていない場合、
[Handle tool dependencies]項目にチェックを入れることが出来ません。
再度、事前設定を確認してください。
※3 手順2の左タブ [Server]の [Manage installed tool shed repositories]からインストールされたツールの確認が出来ます。