ツールインストール手順

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Pitagora 0.1.7

macs2

参考:https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/INSTALL.rst

NumPyをインストールする
# su -
# yum install atlas-sse3-devel gcc-gfortran python-devel
# su - galaxy
$ easy_install nose numpy
Rをインストールする
$ su -
# yum -y install make libX11-devel.* libICE-devel.* libSM-devel.* libdmx-devel.* libx*  libFS* libX* readline-devel gcc-gfortran gcc-c++ texinfo tetex
# exit
$ mkdir ~/galaxy-tools/R
$ cd ~/galaxy-tools/R
$ wget http://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.0.3.tar.gz
$ tar xvzf R-3.0.3.tar.gz
$ mv R-3.0.3 R-3.0.3_src
$ mkdir R-3.0.3
$ cd R-3.0.3_src
$ ./configure prefix=/home/galaxy/galaxy-tools/R/R-3.0.3
$ make
$ make install
$ cd
$ vi .basu_profile
export PATH=$PATH:$GALAXY_TOOLS/R/R-3.0.3/bin
$ . .bash_profile
MACS2をインストールする
$ mkdir ~/galaxy-tools/macs2
$ cd ~/galaxy-tools/macs2
$ wget https://github.com/taoliu/MACS/archive/master.zip
$ unzip master.zip
$ rm master.zip
$ cd MACS-master
$ python setup.py install --prefix=~/galaxy-tools/macs2
$ cd
$ vi .bash_profile
export PATH=$PATH:$GALAXY_TOOLS/macs2/bin
$ . .bash_profile

Pitagora 0.1.6

bowtie2

  • Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy main tool shed から「bowtie2」を検索し「NGS: Mapping」セクションにインストールします。

download_ref

  • Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「download_ref」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。

imp_exp

  • Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「imp_exp」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。

filebrowser

1. filebrowser本体のインストール

$ cd /var/www/html
$ git clone https://github.com/pitagora-galaxy/filebrowser
$ cd filebrowser
$ mysql -u root -pgalaxy
mysql> source sql/setup.sql
mysql> source sql/sample.sql
mysql> exit

2. 確認 http://192.168.56.10/filebrowser/main.html

3. filebrowser ツールのGalaxyへのインストール

  • Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「filebrowser」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。
  • IPを192.168.56.10から変更している場合、tool_shed/.../filebrowser.xmlの該当部分を変更します。(今後、ツール修正でこれに対応したい)

sql_tools

  1. パス上のpythonにsqliteが含まれているので、sqliteのインストールは不要です。
  2. Admin > Search and browse tool sheds から「sql_tools」を検索し「SQL Tools」セクションにインストールします。

sam_to_bam

  1. Admin > Search and browse tool sheds から「sam_to_bam」を検索し「NGS: SAM Tools」セクションにインストールします。
  2. Tool Dependency で samtools がインストールされます。
  3. インデックスファイルの場所を設定します。
$ vi tool-data/fasta_indexes.loc
hg19		hg19		hg19		/disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
hg18		hg18		hg18		/disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg18/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
mm10	mm10	mm10	/disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm10/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
mm9		mm9		mm9		/disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm9/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
dm3		dm3		dm3		/disk/reference/igenome/Drosophila_melanogaster/UCSC/dm3/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

bam_to_sam

  1. Admin > Search and browse tool sheds から「sam_to_bam」を検索し「NGS: SAM Tools」セクションにインストールします。
  2. Tool Dependency で samtools がインストールされます。

macs14

1. ツール本体をインストールします。

$ su - galaxy
$ mkdir galaxy-tools/macs14
$ cd galaxy-tools/macs14
$ tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz
$ cd MACS-1.4.2
$ mkdir install (インストール先ディレクトリ)
$ cd $HOME/galaxy-tools/macs14/MACS-1.4.2
$ python setup.py install --prefix /home/galaxy/galaxy-tools/macs14/MACS-1.4.2_install/
$ cd
$ vi .bash_profile
export PATH=$GALAXY_TOOLS/macs14/MACS-1.4.2_install/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$GALAXY_TOOLS/macs14/MACS-1.4.2_install/lib/python2.7/site-packages/:$PYTHONPATH
$ cd galaxy-dist
$ ./restart.sh

2. Admin > Search and browse tool sheds から「macs14」を検索し「NGS: Peak Calling」にインストールします。

$ cd lib/IO/
$ wget http://ashishagarwal.org/wp-content/uploads/2011/03/macs14_Parser.patch.txt
$ patch < macs14_Parser.patch.txt
patching file Parser.py

Pitagora 0.1.5

awk

  1. OS標準のawkを使うためawkのインストールは不要です。
  2. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

sed

  1. OS標準のsedを使うためsedのインストールは不要です。
  2. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

macs

  1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。
  2. macs 本体は Tool Dependency でインストールされます。

Pitagora 0.1.4

unix_tools

bwa_wrappers

join

subtract

Pitagora 0.1.1

cuffmerge

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks 内の cuffmerge がインストールされます。

cuffdiff

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks 内の cuffdiff がインストールされます。

Pitagora 0.1.0

fastqc

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で fastqc がインストールされます。

tophat2

1. Admin > Search and browse tool sheds から「tophat2」を検索し「NGS: Mapping」セクションにインストールします。

2. Tool Dependency で tophat2、samtools、bowtie2 がインストールされます。

3. インデックスファイルの場所を設定します。(.locファイルは タブ区切り で記載します)

$ cd ~/galaxy-dist/tool-data
$ vi bowtie2_indices.loc
hg19 hg19 hg19 /media/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome

4. 格納先ファイルを登録します。

$ cd ~/galaxy-dist
$ vi tool_data_table_conf.xml
<!-- Locations of indexes in the Bowtie2 mapper format for TopHat2 to use --> 
    <table name="tophat2_indexes" comment_char="#"> 
        <columns>value, dbkey, name, path</columns> 
        <file path="tool-data/bowtie2_indices.loc" /> 
    </table>
  • 備考:RNA-seqのワークフローにおいて、複数コアでtophatの動作を考慮する場合は、インストール前に2コア以上に設定後、tophat2をインストールしてください。

cufflinks

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks がインストールされます。