テスト手順

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手動でテスト

  1. 全てのリファレンスファイルがダウンロードできることを確認します。
  2. 新しいユーザーとして「Register」して、「Shared Workflows」から全てのワークフローを使用できることを確認します。
  3. 新しいユーザーで各ワークフローのページの「テスト手順」を実施します。

自動でテスト

まずは通しでやってみる例

ヒストリーの作成

$ python history_create_history.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 http://192.168.56.10:8080/api/histories "RNA-seq 01"

{... , u'id': u'03501d7626bd192f', ... , u'name': u'RNA-seq 01'}

入力ファイルのアップロード

$ python upload_to_history.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 http://192.168.56.10:8080 03501d7626bd192f \
   /home/galaxy/galaxy-dist/scripts/api/upload_to_history.py

{u'outputs': [{... , u'id': u'1fad1eaf5f4f1766',}]}

ワークフローの実行

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/workflow_execute.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 \
   http://192.168.56.10:8080/api/workflows ebfb8f50c6abde6d 'hist_id=03501d7626bd192f' '62=hda=1fad1eaf5f4f1766'

ヒストリーの作成(history_create_history.py)

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/history_create_history.py
usage: history_create_history.py key url [name]
  • key: 実行ユーザーの API Key。User > API Keys で確認できる。
  • url: Galaxy の URL + /api/histories
  • name: ヒストリーの名前
$ python history_create_history.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 http://192.168.56.10:8080/api/histories "RNA-seq 01"
{... , u'id': u'03501d7626bd192f', ... , u'name': u'RNA-seq 01'}

入力ファイルのアップロード(upload_to_history.py)

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/upload_to_history.py
history_upload.py <api key> <galaxy base url> <history id> <filepath to upload>
  • api key: 実行ユーザーの API Key。User > API Keys で確認できる。
  • galaxy base url: Galaxy の URL のみ
  • history id: ヒストリーを hist_idで指定。hist_id は各ジョブの「i」から確認できる。
  • filepath: ファイルのフルパス
$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/upload_to_history.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 \
   http://192.168.56.10:8080 0a248a1f62a0cc04 /home/galaxy/galaxy-dist/scripts/api/upload_to_history.py

ワークフローの実行(workflow_execute.py)

Galaxy API を使ったワークフローの実行

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/workflow_execute.py
usage: workflow_execute.py key url workflow_id history step=src=dataset_id
  • key: 実行ユーザーの API Key。User > API Keys で確認できる。
  • url: Galaxy の URL + /api/workflow
  • workflow_id: ワークフローの実行画面を表示すると URL (...?workflow_id=XXXXXXXXX) から確認できる。
  • history: ヒストリーを文字列(新規作成の場合)か hist_id(既存のもの)で指定。hist_id は各ジョブの「i」から確認できる。
  • step=src=dataset_id: ワークフローのステップに対して入力とするデータセットの指定。
    • データセットはライブラリのもの(llda)かヒストリーのもの(hda)を指定できる。
    • ヒストリーの場合の dataset_id は各ジョブの「i」の API ID として表示されるもの。
    • ステップの ID はデータベースに問い合わせないとわからないようだ。
SELECT s.id
FROM workflow w, workflow_step s
WHERE w.id = s.workflow_id
AND s.type =  'data_input'
AND w.name =  'ChIP-seq 02 v001'
ORDER BY order_index DESC 

例: 新しいヒストリーを作成する場合

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/workflow_execute.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 \
   http://192.168.56.10:8080/api/workflows 03501d7626bd192f 'new history'

例: 既存のヒストリーで実行する場合

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/workflow_execute.py 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 \
   http://192.168.56.10:8080/api/workflows ebfb8f50c6abde6d 'hist_id=df7a1f0c02a5b08e' '1=hda=a799d38679e985db'