リファレンスの追加手順

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概略

  • ヒトとマウスのリファレンス
    • ピタゴラのツール (Pitagora Tools > Download References)を使ってダウンロードできるのは、ヒト (hg19, hg18) とマウス (mm10, mm9) のみです。
    • これらのリファレンスは Galaxy に登録済みですが、未ダウンロードの場合はエラーになります。
  • 上記以外のリファレンスが必要な場合
    • 管理者がコマンドラインで作業します。この詳細は下記の通りです。
    • 管理者が Admin 画面からリファレンスを追加する Data Manager 機能が Galaxy チームにより開発されていますが、未完成のため下記の方法を推奨します。
  • 全てのリファレンス・ファイルは以下のディレクトリに格納されています。
    • /disk/reference

追加手順

ここでは、例として、ラットのリファレンス・ゲノムと bowtie2 インデックスを追加します。

SSH で仮想環境に接続します。

$ ssh 192.168.56.10 -l galaxy
(password: galaxy)

リファレンスの格納先ディレクトリに移動します。

$ cd /disk/reference

リファレンスをダウンロードします。ここでは、Illumina iGenomes で配布されているものを用います。

$ cd igenome
$ wget ftp://igenome:G3nom3s4u@ussd-ftp.illumina.com/Rattus_norvegicus/UCSC/rn5/Rattus_norvegicus_UCSC_rn5.tar.gz

展開します。

$ tar xvzf Rattus_norvegicus_UCSC_rn5.tar.gz

Galaxy に登録します。

  • タブ区切りであることに注意してください!(コピペする場合は修正してください)
$ vi ~/galaxy-dist/tool-data/fasta_indexes.loc
rn5    rn5    rn5    /disk/reference/igenome/Rattus_norvegicus/UCSC/rn5/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
$ vi ~/galaxy-dist/tool-data/bowtie2_indexes.loc
rn5    rn5    rn5    /disk/reference/igenome/Rattus_norvegicus/UCSC/rn5/Sequence/Bowtie2Index/genome

Galaxy を再起動します。

$ sudo service galaxy restart

Galaxy の Bowtie2 ツールの Select reference genome: から rn5 を選択できることを確認します。