Admin RNA-seq 02

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ピタゴラのVMとの接続が確認できたあとに、RNAseq-Sailfish WF の動作環境を構築するためにやったこと

1)yum update

2)galaxyのadminになる

3)Fastqmcf、FastQCがあるか確認し、なければToolShedからLatestをインストール

注意:g++が無いとFastqmcfがインストールに失敗します

4)sailfishのインストール ※Galaxy環境のターミナルで行う

http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish/downloads.htmlから、バイナリ版をDL

・PATHとlibを環境変数に通す

   >LD_LIBRARY_PATH=<install Dir>/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/lib 
   >PATH=$PATH:<install Dir>/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/bin 

5)sailfish indexを実行する

▶ mouse mm10 Transcriptome の場合・・・

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/ とかからfastaを任意のDirにD

・sailfish index --force -t <任意のpath>/refMrna.fa -o <任意のpath> --kmerSize 20

・locファイルを作成 →sailfish_indexes.loc

・locファイルの場所をtool_data_table_conf.xmlに追加する

6)sailfishツールを配置

・toolsの配下にディレクトリを作成し、xmlを配置

https://github.com/myoshimura080822/galaxy-mytools_sailfish.gitからclone

・tool_data_table_conf.xmlでセットしたidと、上記xmlで記述されている名前が一致するよう修正する

・tool_conf.xmlにsailfishツールとして追加する

7)WFをインポートする

・ツールの名前を変えたりすると無効になるので、必ずedit画面で確認する。

8)adapter/primer 配列、fastq配列をヒストリーにimportして、Run

***************

注意!!fastqmcfやsailfishで設定している実行時引数のパラメーターは、BiTでの値になっています。

追記 2015/03/04(山中)

  • sailfish ツールの Dependency 作りたいですね。(配布OK?)--> Test Tool Shed に既に dependency (iuc) が置いてある。これが使えるか確認(山中)
  • sailfish_indexes.loc と tool_data_table_conf.xml の該当箇所いただけますか? --> 共有(芳村) --> メールにて共有(芳村)
  • ツールは Git > ToolShed にコピーしてOKですか? --> OK、そうする(山中)
  • ワークフローファイルもいただけますか? --> 共有(芳村) --> Githubにあります (芳村)
  • テスト実行用の adapter/primer 配列、fastq配列もいただけますか? --> 確認後に共有(芳村)--> FTPにアップしました(芳村)
  • Index ファイルは上記の手順を参考に作る(山中)--> mm10のみ先にFTPにアップしました(芳村)

追記 2015/03/27(山中)

Tool

Tool Dependency

  • Wrapper XML に以下の修正を加えます。
    <requirements>
        <requirement type="package" version="0.6.3">sailfish_linux</requirement>      <-- この行を修正
    </requirements>
  • 同じディレクトリに tool_dependency.xml を作成します。
<?xml version="1.0"?>
<tool_dependency>
  <package name="sailfish_linux" version="0.6.3">
        <repository changeset_revision="2c66da813a79" name="package_sailfish_linux_0_6_3" owner="pitagora" prior_installation_required="False" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
  </package>
  </package>
</tool_dependency>

Index

  • tool_data_table_conf.xml
<table name="sailfish_custom_indexes" comment_char="#">
    <columns>value, dbkey, name, path</columns>
    <file path="tool-data/sailfish_index.loc" />
</table>
  • sailfish_index.loc
    • 他と揃えた表現にしたくて "mm10_refMrna" を "mm10" に変更しました。問題ないでしょうか。
mm10    mm10    mouse/UCSC Dec.2011 (mm10)    /disk/reference/sailfish_index/mm10

Workflow

テストデータ

  • まだ公開していません。公開OKになったら教えて下さい
    • SRR....fastq 8個 および test_adapter.fa