Admin Variant Calling 02

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  • Test Tool Shed -- tool_shed_test_1

Reference genome hg19 で動作させるためには下記の作業が必要です。1,2,3,の 順序は可換

1. pitagora tools でhg19のリファレンスをダウンロード

2. 本ツールのGATK resource bundle downloader でhg19のリソースバンドルを ダウンロード

3. GATK 3.3 を Broad Institute からダウンロード

VMのホストとなっているマシンのコマンドライン上で、
次のコマンドを実行して、ダウンロードしたファイルをuu encode。
(下記は一行で記述)
python -c 'import uu;uu.encode("GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2","gatk.uu")'

3-1. Get data -> Upload File from your computer で、gatk.uuを Pitagora Galaxy に登録

3-2 GATK binary loader で GATK.uu を選択して実行(この作業によりPitagora galaxy上でGATKが動作するようになります)

4. GATK variant callerにbam と bedファイルを与えて実行