DDBJ Galaxy

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目次

  1. DDBJ Pipeline高次部のVM移植開発について
  2. VM化Galaxyワークフローリスト
  3. Pitagora VM移植情報まとめ


DDBJ Pipeline高次部のVM化開発について

DDBJでは、NGS解析ウェブサービス「DDBJ Pipeline」を提供しています。
DDBJ Pipeline高次部はPSUのgalaxy interfaceを用いて開発されており、遺伝研スパコン上のウェブサービス
として提供して来ました。しかし高次部ユニーク利用者数は近年減少傾向にあります(2015年度DNAデータ利用
研究委員会報告書、Pipeline利用統計(追加資料)参照)。そこで、ユニーク利用者数が増えている基礎部に
計算機資源を絞り、高次部はPitagora galaxy VMをローカルPC環境で実行して頂くようウェブサービス形式から
アプリケーション配布形式に移行致します
[2015年12月DDBJ開発,文責 遺伝研神沼]。


VM化Galaxyワークフローリスト

Pitagora galaxy/Toolshedでの識別用ワークフロー名と、DDBJ Pipeline基礎部との 接続有無、出力結果のDDBJ登録接続の有無などを紹介します。

Workflow Name 所属[制作者※] 説明 PL基礎部後スタート DDBJ登録接続 VM配布時packing
1 vm_denovoGA DDBJ,
NIG中村研[長崎]
Denovo genome annotation o 開発中 VM-(1)
2 vm_denovoTA DDBJ,
NIG中村研[長崎]
Denovo transcriptome annotation o 開発中 VM-(1)
3 Prokka2DDBJ DDBJ,
NIG中村研[藤澤],
NIG有田研[谷沢]
微生物ゲノム注釈解析 x 開発中 VM-(1)
4 vm_dnapod NIG中村研[望月] 植物・微生物の系統間多型注釈解析 o x VM-(1)
5 HLAworkflow NIG井ノ上研[細道] ヒトゲノムHLA領域Typing x x VM-(2)

※制作者異動:長崎→かずさDNA研究所、細道→金沢大学


Pitagora VM移植情報まとめ

進捗は下記の通りです

  1. denovoGA_PL
  2. denovoTA_PL
  3. Prokka2DDBJ
  4. dnapod_PL
  5. HLAworkflow