Galaxyのインストール

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OSユーザーの作成

EC2インスタンスにははじめにec2-userユーザーが作成されていますが、 わかりやすくするためGalaxyのインストールのためのgalaxyユーザーを作成します。

rootユーザーの設定

ユーザーをSSH接続時に使用したec2-userからrootに変更し、 rootユーザーのパスワードを設定します。

 $ sudo su -
 $ passwd

galaxyユーザーの作成

Galaxyをインストールし実行するユーザーとしてgalaxyユーザーを作成します。

$ su -
# useradd galaxy
# passwd galaxy
# exit

galaxyユーザーにスイッチし、パスワードが設定されていることを確認します。 この後の作業はgalaxyユーザーを使用します。

$ su - galaxy

Pythonのインストール

Galaxyは起動時にPythonのバージョンを見て対応するEggをダウンロードするため、 適切なバージョンのPythonをインストールする必要があります。

既存のPythonの確認

まず、現在バンドルされているPythonのバージョンを確認します。

 $ python --version
 Python 2.6.9

上記のようにAWSのAmazonLinuxではPython2.6.9がバンドルされているためGalaxyがインストールできます。 しかし、Galaxyで使用するツールがPythonにライブラリを追加する事があるため、バンドルされているものとは別に、Galaxyで使うPythonを作成しておきます。

パッケージのインストール

Python(2.7.5)をインストールするために必要な以下の4つのパッケージをインストールします。

  • gcc
  • zlib-devel
  • bzip2-devel
  • openssl-devel
  • sqlite-devel
 # yum install -y gcc zlib-devel bzip2-devel openssl-devel sqlite-devel

Pythonのコンパイル

galaxyユーザーでPython(2.7.5)をコンパイルします。

# exit 
$ mkdir galaxy-python
$ cd galaxy-python
$ wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/Python-2.7.5.tgz
$ tar xvzf Python-2.7.5.tgz
$ mv Python-2.7.5 Python-2.7.5_src
$ mkdir Python-2.7.5
$ cd Python-2.7.5_src
$ ./configure --prefix=/home/galaxy/galaxy-python/Python-2.7.5
$ make
$ make install
$ which python
   /usr/bin/python

環境変数の設定と確認

Pythonに対する追加事項がある際の記載先を、新しくインストールしたPythonにするため、 環境変数の設定を変更します。

$ vi ~/.bash_profile

export PATH=$HOME/galaxy-python/Python-2.7.5/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$HOME/galaxy-python/Python-2.7.5/lib/python2.7/site-packages

$ . ~/.bash_profile

Pythonの設定の変更を確認します。

$ which python
    ~/galaxy-python/Python-2.7.5/bin/python
$ python --version
 Python 2.7.5

その他の設定

後々の作業のため、easy_install をインストールします。

$ cd ~/galaxy-python
$ wget http://python-distribute.org/distribute_setup.py
$ python distribute_setup.py
$ which easy_install
   ~/galaxy-python/Python-2.7.5/bin/easy_install

Galaxyのインストール

GalaxyはMercurialで配布されています。

Mercurialのインストール

Mercurialをインストールします。

$ easy_install mercurial

Galaxyのインストール

Galaxyをクローンします。galaxy-distディレクトリが作成され、この下にGalaxyがインストールされます。

$ cd ..
$ hg clone https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/

Galaxyの起動

Galaxyを起動します。 初回起動時は進捗を見るためログをコンソールに表示させます。 初回起動時に設定ファイル ~/galaxy-dist/universe_wsgi.iniが作成されます。

$ cd galaxy-dist
$ ./run.sh

ログを確認し、正常に起動されているかを確認します。 次のメッセージが表示されると正常に起動が行われています。

 $ tail -f paster.log
    .
    .
 serving on 0.0.0.0:8080 view at http://127.0.0.1:8080

次のようなメッセージが出力されている場合には、そのスクリプトを実行します。

Please backup your database and then migrate the schema by running 'sh manage_db.sh upgrade'.

$ sh manage_db.sh upgrade

Galaxyのバージョンアップ

必要に応じて、インストールしたGalaxyを最新の安定版にバージョンアップします。

 $ hg update stable

IPアクセス制限の解除

作成したGalaxyにどのIPアドレスからでも接続できるように、universe_wsgi.iniを編集します。 IPアドレスによるアクセス制限は、AWS上でポート単位で設定します。

 $ vi universe_wsgi.ini
 host = 0.0.0.0

.python_eggs ディレクトリの権限変更

.python_eggs ディレクトリの権限を変更します。

$ cd ~/
$ chmod 744 .python_eggs

ブラウザを開き、「<EC2インスタンスのPublicDNS>:8080」のURLより作成したGalaxyのページに接続します。