Galaxy Workshop Tokyo 2015

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WST2015.png


April 28, 2015 @ RCAST, The University of Tokyo

The Galaxy Workshop Tokyo 2015 では、NGS データの様々な解析手法をワークフローを通して理解し、プラットフォーム上で共有する枠組みを紹介します。午前のセッションでは、Community Galaxy パッケージ(= Pitagora Galaxy)を PC やクラウドで使用するための環境を準備します。午後のセッションでは、大規模データ解析の解析基盤やプラットフォームや実際に各研究機関で利用されているワークフローについての紹介をします。ここで紹介されたワークフローは、Community Galaxy を使って即座に実行できます。

Audience

このワークショップは、Galaxy Japan Community の活動の一部であり、ツール開発者、実験研究者、その他 NGS データをはじめとした大規模データ解析を必要とする全ての研究者を対象としています。また、一部の招待講演を除く全てのセッションは日本語です。

Audience.png


Program

午前のセッションは、Community Galaxy のインストールのハンズオンのため、Communiy Galaxy を既にお使いの方は参加頂く必要はありません。インストール方法はこちらをご参照ください。ハンズオンに参加される方はノートPC(Windows / Mac / Linux)をご持参ください。


時間 タイトル 講演者 ワークフロー スライド ビデオ
9:30-10:00 (Registration) - - -
10:00-12:00  Hands-on:
 Community Galaxy の紹介とインストール
 大田 達郎(ライフサイエンス統合データベースセンター) - pdf video
12:00-13:00 (Lunch) - - -
時間 タイトル 講演者 ワークフロー スライド ビデオ
12:30-13:00 (Registration) - - -
13:00-13:05 Opening - - -
13:05-13:25  Opening Remarks  油谷 浩幸(東京大学 先端科学技術研究センター) - - video
13:25-13:30  Message from Galaxy Team  Dave Clements(Johns Hopkins University) - pdf video
13:30-13:45  Community Galaxy の紹介  山中 遼太(東京大学 先端科学技術研究センター) - pdf video
13:45-14:00  ワークフローの紹介(RNA-seq)  芳村 美佳(理化学研究所 情報基盤センター) workflow pdf video
14:00-14:15  ワークフローの紹介(RNA-seq)  中岡 慎治(理化学研究所 統合生命医科学研究センター) workflow pdf video
14:15-14:30  ワークフローの紹介(CAGE)  那須野 淳(アスケイド) workflow pdf video
14:30-14:45 (Coffee) - - -
14:45-15:00  ワークフローの紹介(ChIP-seq)  仲木 竜(東京大学 先端科学技術研究センター) workflow pdf video
15:00-15:15  ワークフローの紹介(BS-seq)  斉藤 裕(産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター) workflow pdf video
15:15-15:30  ワークフローの紹介(Variant Calling)  新海 典夫(産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター) workflow pdf video
15:30-15:45  ワークフローの紹介(Variant Calling)  池田 誠(パーシピア) workflow pdf video
15:45-16:00  ワークフローの紹介(Variant Calling)  長崎 英樹(国立遺伝学研究所) workflow pdf video
16:00-16:15 (Coffee) - - -
16:15-16:55  Keynote: Genomics Virtual Laboratory  Andrew Lonie
 (Life Sciences Computation Centre, VLSCI)
- pdf video
16:55-17:10  AWS クラウド上で Galaxy を利用する  吉荒 裕一(アマゾンデータサービス) - pdf video
17:10-17:25  高性能 PC クラスタ上で Galaxy を利用する  内田 智博(ナベインターナショナル) - pdf video
17:25-17:40  Illumina BaseSpace の紹介と最新情報  癸生川 絵里(イルミナ) - pdf video
17:40-17:55  Garuda Alliance の紹介と最新情報  Nikos Tsorman(システム・バイオロジー研究機構) - pdf video
17:55-18:00 Closing - - -
18:00-19:30 (Happy Hour) - - -


Venue

東京大学先端科学技術研究センター 地図
(駒場リサーチキャンパス)
4号館 2階 カンファレンスホール
先端研のランチ

Registration

定員の100名に達した為、登録締切とさせていただきました!

Twitter

#usegalaxyjp をお使いください

Organizers

山中 遼太 [1], 加藤 真奈美 [2], 大田 達郎 [3]
お問い合せ: 大田(t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp)まで

Support

  1. 東京大学 先端科学技術研究センター ゲノムサイエンス分野
  2. 理化学研究所 統合生命医科学研究センター 疾患システムモデリング研究グループ
  3. 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
Amazon Web Service の研究助成プログラム Education Research Grant Award

Poster

画像をクリックするとPDFをダウンロードできます。ご自由にお使いください。


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