Galaxy Workshop Tokyo 2016

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GWT2016.png


April 28, 2016 @ RCAST, The University of Tokyo

The Galaxy Workshop Tokyo 2016 では、NGS データの様々な解析手法をワークフローを通して理解し、プラットフォーム上で共有する枠組みを紹介します。午前のセッションでは、Community Galaxy パッケージ(= Pitagora Galaxy)を PC やクラウドで使用するための環境を準備します。午後のセッションでは、大規模データ解析の解析基盤やプラットフォームや実際に各研究機関で利用されているワークフローについての紹介をします。ここで紹介されたワークフローは、Community Galaxy を使って即座に実行できます。

Audience

このワークショップは、Galaxy Japan Community の活動の一部であり、ツール開発者、実験研究者、その他 NGS データをはじめとした大規模データ解析を必要とする全ての研究者を対象としています。また、一部の招待講演を除く全てのセッションは日本語です。

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Program

午前のセッションは、Community Galaxy のインストールのハンズオンのため、Communiy Galaxy を既にお使いの方は参加頂く必要はありません。インストール方法はこちらをご参照ください。ハンズオンに参加される方はノートPC(Windows / Mac / Linux)をご持参ください。

なんでも相談 (MTE)

パート2、パート3の時間 (14:30 〜 17:20) にパラレルセッションとしてフリースペースでの相談スペースを設けます。以下のような内容を想定していますが、その他のご質問・ご相談・お話なども、お気軽にご参加ください。

  • どのように VM をセットアップすればよいか分からない
  • ラボへの計算機の導入をどのようにすればよいか分からない
  • こんなツールがほしい
  • こんなツールを作っているので使ってもらいたい


Time table


時間 タイトル 講演者 (敬称略) ワークフロー スライド ビデオ なんでも相談
9:30-10:00 Registration
10:00-10:45  はじめよう Galaxy 公共サーバー編(ハンズオン)  山中 遼太(日本オラクル) - doc video なし
10:45-11:15  はじめよう Galaxy 仮想マシン編(ハンズオン) - doc video
11:15-12:00  はじめよう Galaxy クラウド編 - doc video
12:00-13:00 Lunch -
時間 タイトル 講演者 (敬称略) ワークフロー スライド ビデオ なんでも相談
12:30-13:00 Registration - なし
13:00-13:10 Opening -
13:10-13:30  Message from Galaxy Team  James Taylor(Johns Hopkins University) - pdf video
13:30-13:45  Community Galaxy の紹介  大田 達郎(ライフサイエンス統合データベースセンター) - pdf video
13:45-14:00  公共Galaxyサーバーの活用  鈴木 治夫(慶應義塾大学) - pdf video
14:00-14:10 Break
14:10-14:25  ワークフローの紹介(BS-seq)  斉藤 裕(産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター) workflow pdf video なし
14:25-14:40  ワークフローの紹介(ChIP-seq)  仲木 竜(東京大学 先端科学技術研究センター) workflow pdf video
14:40-14:55  ワークフローの紹介(RNA-seq)  中岡 慎治(理化学研究所 統合生命医科学研究センター) workflow pdf video
14:55-15:10  ワークフローの紹介(De Novo RNA-seq)  小寺 正明(東京工業大学) workflow pdf video
15:10-15:20 Break
15:20-15:35  ワークフローの紹介(Microbial Genomics / Metagenome)  小笠原 理(国立遺伝学研究所 DDBJ研究センター) workflow pdf video Part 1.
15:35-15:50  ワークフローの紹介(Variant Calling 植物)  望月 孝子(国立遺伝学研究所) workflow pdf video
15:50-16:05  ワークフローの紹介(Variant Calling)  新海 典夫(産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター) workflow pdf video
16:05-16:20  ワークフローの紹介(Variant Calling)  池田 誠(パーシピア) workflow pdf video
16:20-16:30 Break
16:30-16:45  高性能 PC クラスタ上で Galaxy を利用する  山田 有紀恵(ナベ インターナショナル) - pdf video Part 2.
16:45-17:00  Galaxy Tool をパッケージする技術 Docker とは  那須野 淳(アスケイド) - pdf video
17:00-17:15  再現性のためのシステム構築  石井 学(理化学研究所) - pdf video
17:15-17:30 Closing
17:30-19:00 Happy Hour


Venue

東京大学先端科学技術研究センター 地図
(駒場リサーチキャンパス)
4号館 2階 カンファレンスホール
先端研のランチ

Registration

こちらから登録してください。定員は100名です。
キャンセルの際はご連絡頂けますようお願い致します。

Twitter

#usegalaxyjp をお使いください

Organizers

大田 達郎, 山中 遼太
お問い合せ: 大田(t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp)まで

Support

ライフサイエンス統合データベースセンター

Poster

画像をクリックするとPDFをダウンロードできます。ご自由にお使いください。


GWT2016 flyer.png

Logo DBCLS trans.png