Meetup 2015-01

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

Skype接続

スケジュール

  • 日時: 2015年01月08日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシー(0.1.6)の更新報告
10:30-17:00 タゴラ装置の開発
17:30-18:00 クラウド利用に関するディスカッション (参加希望者のみ)
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (スカイプ参加可)
18:30-22:00 さらなる開発 +

内容

  • 遺伝研のアセンブルワークフローをピタゴラに載せる
    • Trinity2BlastP 等、確認のみ
    • 次回までにChIP-seqワークフローを確認(大田さん)
      • MACS + 遺伝子領域のアノテーション
    • HLAはまだ。OpenIDのツール?
    • NIAS のマーカー周りのツール、伊藤さん?(要確認)
  • DBCLSのGalaxyツールの移植(大田さん)→ 今日は手付かず
  • GitHubにピタゴラGalaxyのWorkflowのJSONファイルを置く場所を作った(大田さん)
  • PythonからGalaxy APIで新規ユーザーを作成(石井さん) → 完了
  • Sailfishツールを使ったワークフロー作成(芳村さん) → 完了
    • SailfishのGalaxyツールを作る?(RNA-seqの発現定量ツール)
    • このワークフローは公開できる?
  • このWikiのトップページのデザイン改善
  • VMWare Fusionで動かす手順作成(池田さん) → 完了
    • ストレージ:SATAからSCSIに変更が必要(VMを変更すべき)
    • ネットワーク:Host Only Adaptor のIP構成とNICの順序(簡単)
      • IPが変わってしまうと動かないツール(File Browser)がある(要修正ー山中)

参加者

  • 山中(先端研)
  • 大田(DBCLS)
  • 加藤(理研IMS)
  • 芳村さん(理研BiT)
  • 石井さん(理研BiT)
  • 池田さん
  • 長崎さん(遺伝研)wrap-upのみ
  • 内田さん