Meetup 2015-02

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

Skype接続

スケジュール

  • 日時: 2015年02月09日(月)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム(10:00-16:00) & ユーティリティー室(16:00-22:00)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシー(0.1.6)の更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (スカイプ参加可)
18:30-22:00 さらなる開発 +

内容

  • Workshop
    • 他にどなたに講演頂けるか? 長崎さん? ナベさん?
    • どなたに参加頂けるか? NIAS? お誘い合わせください m(- -)m
    • 統合TVに撮ってもらうことになったので、OKかNGか決めておいてください
  • Variant Calling ワークフローの内容調整(池田さん、新海さん、山中)
    • GATKのライセンス調査、バージョンによって異なる?
      • おそらく 1.x 系は再配布してOKか。本家は 1.4 を tool dependency で再配布している
      • 3.x 系はXMLのみ配布して、本体は再配布しないでユーザーがインストールすればよい
      • コマンドラインで?インストールツールを作る?
      • Local ToolShed で配布する?Local ToolShed の起動試験(池田)
      • GATK は Java なので展開するだけではある、ref_download ツール同様に作ってみるか
    • Variant Calling ツールの動作確認中(新海さん)
  • Pitagora-VMにFANTOM5 CAGE-Analysisのワークフローを入れようとしています (大田)
    • delveというmappingソフトがないのでツールを作らないといけないっぽい。
      • dockerでやれないか? => centosのバージョン (6.5) が古くてdockerが入らなかった
    • 地道にやります
  • VMWare Fusionで動かす手順作成 修正(池田)
    • 手順は次の通りです。 File:Pitagora Galaxy 0.1.6 on VmwareFusion.pdf
      • Network の追加
      • eth3の設定ファイルをVirtual Machineに追加して外部のネットワークを参照可能とする。(ToolShed等の利用のため)
  • 3月5日勉強会でピタゴラ使う(大田)
    • 資料アップしてください!
    • Windows も試しておく(大田、山中)
  • データをホストしてくれませんか?(山中)
    • DBCLS?遺伝研?情報研?訊いてみてください(大田)
    • Public Server の運用をどうするか、現在はテスト用の Crush & Build 環境(山中)
    • できれば、Public Serverも運用してもらいたい
      • 情報研の人に来ていただきましょう!(大田)
  • バージョン 0.1.7 を公開しました(山中)
    • ツールのバージョンアップ (filebrowserなど動かなかったものもあったので)
    • SATA >> SCSI
  • 2GB以上のデータの場合はHTTPでなくFTPでアップロードする必要がある、どうやったら簡単になるか(山中)
  • Revision と Version のヒモ付(石井)
    • ワークフローの中には Version が書いてある。ユーザーはこれを見るだろう
    • しかし、API (bioblend) では Version ではなく Revision でしかツールを取ってこれない
    • そこで、Version から Revision を取ってくる Python スクリプトを作成
    • Revision レベルで Reproducibility が必要なのでは?
    • なぜ、Version (ユーザー側) と Revision (管理者側) がヒモ付できないか設計思想を確認したい

参加者

  • 山中(先端研)
  • 大田(DBCLS)
  • 加藤(理研IMS)
  • 石井さん(理研BiT)
  • 新海さん(産総研)
  • 仲木さん(先端研)
  • 池田さん(Percipere)
  • 内田さん