Meetup 2015-03

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年03月10日(火)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシー(0.2.1)の更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-22:00 さらなる開発 +

内容

前回振り返り
山中
  • 芳村さんにお願い - Admin_RNA-seq_02に記載の通り。
  • 講堂のキャパを確認(定員を決めておく必要があるか)
    • 定員100名、ハンズオンは何名までいけるか(電源タップ・Wifi)
  • fastq-dump ツール & dependency package の作成(w/ 大田さん)
    • sra_toolkit の wrapper は使えるものがある。
    • dependency_package がないので、作って、wrapper 作成者に連絡する(山中)
  • Tool Shed からインストールするとエラーが出るワークフロー(RNA-seq 01 v002)
    • ファイルから Import Workflow することにする
  • Version 0.2.1 を作成した。これからテストする。
大田
  • アスケード那須野さんから情報研での Galaxy on Virtual Cloud Provider についての進捗を聞く
    • FANTOM5 のワークフローを構築中
    • 問題点
      • 分散実行について、ツール内部で分散する vs 大量のサンプルを捌くためジョブを並列実行する
        • ニーズ的には後者。トータルで実行が早くなるよう組み合わせる必要有り
      • GPGPUやOpenMPなどのハードに依存するツールについてどうするか?
        • 今のところ優先度は低い
  • ワークショップ告知用のメール文面が完成
    • 現場の会,bioinformatics-jpに、これから送ります
  • NCBI SRA Toolkitをピタゴラにインストールしてみる
  • SRAの検索システムをGalaxyに埋め込む
    • Local File Browserと同じ仕組みでSRAのファイルをインポート
    • galaxyからツール起動時にpost -> サーバ側でgalaxyのURLを受け取る -> I/F上でボタンクリック等でURLに向けてpostを返す
    • 実装中
池田
  • GATK登録ツールの作成
    • ユーザーがそれぞれに入手したGATKをPitagora Galaxyにアップロードする機能の提供
      • 問題発生 バイナリファイルのハンドリングに障害
      • bz2 が自動展開された後、0x0d,0x0a => 0x0d に自動変換されているため...
      • 対応策検討中
      • 暫定的に \*.tar.bz2 形式のファイルをuuencodeしてアップロード => Pitagora-galaxyでuudecodeとする
加藤
  • ワークフロー図
    • 池田さん、新海さん、中岡さんに情報提供依頼
      • 新海さんから今日いただいた情報を元に次回までに作成予定
      • 中岡さんと3/12に打ち合わせして作成予定
    • 芳村さんにページの更新依頼
新海
  • 発表対象になるワークフローと次回に向けてやっておくことの確認

参加者

  • 山中(先端研)
  • 大田(DBCLS)
  • 加藤(理研IMS)
  • 新海さん(産総研)
  • 池田さん(Percipere)
  • 内田さん
  • 那須野さん
  • 長崎さん(遺伝研) *Skype
  • 石井さん(理研ACCC) *Skype
  • 芳村さん(理研ACCC) *Skype
  • 癸生川さん(Illumina) *Skype