Meetup 2015-04

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年04月09日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-22:00 さらなる開発 +

内容

前回振り返り
山中
  • Pitagora VM 0.2.2 のリリース
  • Variant Calling 01 用のツールのインストール(ここにある通り、まずは picard, snpsift そして GATK)
  • ChIP-seq のため、Sicer インストール、変換フロー作成
  • データ移行どうする問題 > 理研クラウドでもこれは当面サポートしない
    • ヒストリーのインポート・エクスポート方法を今後、検討・共有したい
  • Tool Shed の古い Revision を削除する方法を調べたい
  • 講堂のネットワーク確認(Gbitスイッチングハブ必要、ネットワーク確認依頼中)
大田
  • ピタゴラを情報研のクラウド基盤の上で動かすのはどうか?という話をしてきました
    • ユーザが確実に見込めるしホットな分野だよねとのコメント
    • クラウドの上でピが動く、以上のチャレンジングな要素がほしい
      • アイディア募集します
  • ワークショップでの発表をどうするか
    • SRAからデータを探す -> .sraをDLする -> Galaxyにimportする -> SRA toolkit で fastq-dump する
      • ここまでいけば完璧だけど sra.dbcls.jp/search をgalaxyに移植するのは時間的に厳しそう?
        • 案1 諦めてimportとdumpだけにする
        • 案2 fakeのツールをつくっておいてfull featuredはcoming soonにする
        • 案3 寿命を削って実装する
          • 作りかけのサーバサイド/elasticsearchを完成させる (3日くらい?)
            • SRAのメタデータをストアしてRESTful APIでファイルパスを返す的
          • galaxyの方のUIを書く
  • Galaxy Community Conference で発表したい
    • abstract締め切りが口頭発表は明日、ポスターは5/1
加藤
芳村さん
  • VM 0.2.2 で動作確認、Wiki確認、今後スライド作成(山中代筆)
池田さん
  • Version 0.2.1のovaを利用してVMware Fusionへのインポート(失敗)
  • GATK 3.3を利用したtoolのバグ対応
  • 当面はhg19を利用した設定に固定とする
新海さん
  • 山中さんと今後の方針について打ち合わせ
  • 業者版については設定ファイル等に修正を加えた結果、現状、一部ツールでgalaxy上での動作を確認
那須野さん
  • NII横山教授のプロジェクトで、FANTOM5パイプライン(基礎解析部分のみ)の再現環境構築に取り組んでいる。
    • ひとまず、GalaxyとMesos/Auroraを接続して動かせるレベルになったので、デモを見ていただく。
    • 現状の課題や今後の展開などに関してPitagora-Galaxyプロジェクトとの間で情報共有しておきたい。
内田さん
仲木さん
長崎さん
  • 私生活がグチャグチャだったのでアレですが、ワークフロー用図準備中です。ちょっとお時間ください。

参加者

  • 山中(先端研)
  • 大田(DBCLS)
  • 加藤(理研IMS)
  • 芳村さん(理研ACCC)
  • 新海さん(産総研)
  • 那須野さん
  • 池田さん
  • 内田さん
  • 長崎さん(遺伝研)*Skype