Meetup 2015-05

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年05月21日(木)
  • 場所: 国立情報学研究所(一ツ橋注意:場所が変更になりました!今回は先端研ではありません!(5月18日記載)
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 コミュニティ仮想マシンの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
17:30-18:00 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:00-20:00 近場のパブにて会議
(次のマイルストーンを決める!)

内容

山中
  • BAM の Split 調査 >> Galaxy Team でどこまで進んでいるか GCC 発表あたりで調査して、その後、那須野さんにも協力いただきつつ進めたいと思います
  • Galaxy の FTP 機能の有効化(ProFTPD を使う)Galaxy Wiki(仕掛中)
  • VM の Windows 版(ホストオンリーネットワークの名前を変えるだけ)の作成と公開(バージョン 0.2.4)
大田
  • 那須野さんからもらったFANTOM5のファイル整合性について確認中
  • 統数研スパコンにdocker/galaxyを植えるための環境構築中
中岡
  • 理研の皮膚炎ミーティング後+議論後に参加なので、夕方6時前到着になってしまいそう。
  • Tool-shed 対応策を練る。Microarray や時系列解析対応で参加者からコメントがもらえたので、その方向性で発展させるプラン練り。
那須野
  • NIIのクラウド基盤上に構築予定のバイオインフォマティクス・パイプライン再現環境を限定的に公開するにあたり、そのサービス内容などに関する仕様をご相談。
  • 最初はFANTOM5再解析のためのワークフローを組み込んだ形で提供し、他のツールやワークフローを利用者自身でGalaxyに追加できるようにする。
  • コンテナベースのツールを作成して追加する手順を確立させる(ToolShed周りを確認しておく)
  • FANTOM5のワークフローを使って、FASTQを分割して並列処理できる仕組みを実装予定。
  • Meetup 2015-06 までを目処に公開できるように環境を整備します。
長崎
  • 5月末まで別件でテンパっててしばらく身動きとれそうもありません。誠に申し訳ございません。何とか早めに片付けます。
小寺
  • 非モデル生物のRNA-seqと代謝予測に関するパイプラインを作ろうとしています。
  • 手元のPitagora-GalaxyにRSEMをインストール
  • RSEM prepare reference が動作することを確認しました。
  • 続く RSEM calculate expression はエラー終了してしまうので、対策を検討中です。
    • rsem-calculate-expression --seed-length 25 --forward-prob 0.5 --phred64-quals --paired-end /home/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_5.dat /home/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_4.dat /home/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_7_files/rsem_ref_name rsem_output > /home/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_18.dat
    • エラーメッセージ(dataset_18.dat): "/home/galaxy/tool_dependency/rsem/1.1.17/jjohnson/package_rsem_1_1_17/cd7f70d4c687/bin/rsem-build-read-index 32 1 0 rsem_output.temp/rsem_output_alignable_1.fq rsem_output.temp/rsem_output_alignable_2.fq" failed! Plase check if you provide correct parameters/options for the pipeline!
    • エラーメッセージ(Pitagoraの画面右側):
   Fatal error: Exit code 255 (Error Running RSEM)
   # reads processed: 881506
   # reads with at least one reported alignment: 15613 (1.77%)
   # reads that failed to align: 865893 (98.23%)
   Reported 15700 paired-end alignments to 1 output stream(s)
   [samopen] SAM h
  • 思ったこと
    • Pitagora-Galaxyで何かをインストールしているとき、ブラウザの下部に「192.168.56.10を待機しています...」とだけ表示されていて、ずっと動きが無いので、何も知らなければ「応答が無い?」と誤解してしまいそうです。実際には「[galaxy@localhost ~]$ tail -f galaxy-dist/paster.log」を見れば、一生懸命コンパイルしているのが分かるのですが。そのあたり、説明していただいたので分かりましたが、説明していただかないと分からなくて途中で強制終了してしまいそうに思いました。
新海
  • Workflow Variant Calling 01の説明項目が中途半端なままになっていたので図や説明を補充。
  • 正式公開に向けてワークフローの調整等。
池田
  • Pitagora OVA2.2での VMware fusionへのインポート方法の検討
    • 現状の問題点
    • VirtualBOX(OVA) と VMwareの構成の違い
    • SCSIディスクの設定の違い
    • Network interfaceの差異
  • tar -xf ピタゴラのovaを展開して、内部ファイルの取り出し。
    • 定義ファイル Pitagora-Galaxy-0.2.2.ovf の直接の編集による対応