Meetup 2015-06

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年06月19日(金)注意:日時が変更になりました!(6月1日記載)
  • 場所: 先端研4号館4階ユーティリティルーム&セミナールーム
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-22:00 ール

内容

全員

PITAGORA: Portable and Interactive Technology Alliance for Galaxy-based Open-source Reproducible Agent

山中
  • GCC の発表資料を皆様にレビュー頂く
  • ワークフローのテスト方法(=異なる環境におけるベンチマーク方法)をまとめる
  • FTP 設定(早く対応したいけど、わりと面倒な気がする)
大田
那須野
  • NIIのクラウド基盤上に構築中の Galaxy on Aurora/Mesos 環境の利用方法などを説明させていただきました。
  • DockerコンテナとしてPitagora-Galaxyを構築してみたものの、いくつかのツールについてインストールが失敗している状況。
  • Overlay Cloudでのゲノム解析環境を今後も検証していくにあたって、一般的なNGS解析ツールにおけるデータのI/Oパターンを大田さん、小澤さんと議論しながら整理。
  • 山中さんのFTP設定は vsftpd + pam_mysql で動くことを確認。
小寺
  • すみません今日は参加できなくなりました
  • 非モデル生物のRNA-seq
中岡
  • 柿添くんとシミュレーション作業の議論 (進めた)
  • revise 論文のシミュレーションコード修正と論文修正 (進めた)
  • RNA-seq 解析ツールに検出力 (statistical power) と limma/voom を用いた解析手法の実装とテスト (進めた)
新海
  • 調達版の動作をほぼ確認したのでピタゴラへの移行作業を始める
池田

VMware への対応

Pitagora Galaxy 0.2.2の ova ファイルについては、依然インポート不能。

ovftool を利用してエラーの解析をすすめる

/Applications/VMware\ OVF\ Tool/ovftool --machineOutput --X:logFile=ovftool.log --lax  Pitagora_0.2.2.ova test.localized

現状のエラーのタイプ

  • Network(Missing child element)
  • Unsupported element: Description
  • Unsupported element: InstanceId
  • Unsupported element: ResourceType

14,39,47,56,65,74,83,92 行でエラーが発生

解析作業を継続

V 0.1.6では、Network, SATAの設定を調整後は下記2種類のエラーのみであった。

  • RedHat_64(id: 80) is not supported on the selected host.
  • Unsupported hardware family: virtualbox-2.2
小澤
  • 初めて参加させて頂きました。
  • KVMに対応できないか?vmdkの対応が必要
  • pitagoraとはなにか聞く
  • その他
長崎
  • HLAツールをtool shed移植始めてますが、孤軍奮闘中です。