Meetup 2015-12

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年12月25日(金)
  • 場所: 慶応湘南藤沢キャンパス「IIJハウス」21. ν(ニュー)棟
  • アクセス: 「湘南台」駅または「辻堂」駅よりバスで「慶応大学本館前」
  • 宿泊: 24日泊はゲストハウスが利用できます(25日は泊まれません)
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:00-22:00 有識者会議

内容

全体
山中
  • Pitagora VM の起動からテストワークフローの実行までのチュートリアルの作成
    • (夕方にセミナーの枠を戴いたのでこの機にもう少しちゃんと作成しておきたい) >> Get_Started に作成しました
  • 来春のワークショップの大枠(テーマや講演者、それまでに何を作成するか)の検討
    • キックオフ・ミーティングでアイディアを収集。詳細は GWT2016_Plan に記載
  • RNA-seq (Tophat-Cufflinks) ワークフローの Docker 版の作成
    • Tophat に倣って、Cufflinks 他のコンテナを作成、これらをラップする Galaxy ツールを作成する
大田
  • 夕方のセミナーの準備
  • 来春のワークショップの大枠を議論
  • テスト用データのリストアップをしたい
    • 各ワークフローを実行する際に手頃なデータ
    • サイズ別
    • 生物種別
  • UGEでのDocker実行テスト
    • NIGスパコンが準備できたらやる
      • まだ連絡がこない
    • GalaxyのバックエンドとしてUGE系のクラスタを据えたときにdockerがスムーズに実行できるのか
那須野
  • NII Galaxy環境(Mesos/Auroraクラスタ)の移行
    • 現在の環境をSINET L2VPNの同一Subnetに接続されたノード群(NII+北大のインタークラウド)に移行する。
  • コンテナ化されたツールのメトリクス自動収集機構
    • ツール実行中のコンテナ内の「プロセス単位」での各種リソース使用状況を記録・分析することにより、ツールの詳細な特性把握ができるようにする。
    • この情報に基づいて、分散実行する際の効率的なコンテナ配置・資源割り当てなどをツール毎にモデル化してみる予定。
    • TopHat2に関してはpidstat, sysdig を用いて振る舞いを分析してみた。
  • Pitagora Galaxy ワークフローに含まれるツールのコンテナ化
池田
  • rnastar の 2-pass対応に向けて調査
鈴木
新海
  • まずは前回のやり掛けの作業(pitagora上でのGATKまわりの調整)を把握
  • 細かなバグ取り等の対応