Meetup 2016-01

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2016年1月28日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-18:30 GWT2016 第1回 実務者ミーティング (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
  • 新しい VM の作成開始
    • OS(Cent 6.6 > 7.2)/ Galaxy(最新)/ Docker 有、の VM を使って今後の(コンテナ化された)ツールを載せていきたいため
    • 今後、こちらにまとめます:構築手順_0.3.x
  • ツール作成チュートリアル(作成予定)
    • HelloGalaxy ツールの作成、ToolShed への登録、コンテナ化、の一連の手順をまとめる
    • この絵 のシナリオを手順書にする予定
  • ソーシャル基盤の導入
    • 掲示板 http://6209.teacup.com/pitagora/bbs (パスワードはお問い合わせください)
    • Skype グループ(参加ご希望の方はお問い合わせください)
大田
  • DBCLS Galaxy のツールリスト (数が多いしこれはちょっと現メンテナに相談しなければ…)
    • Get data
      • DBCLS GGGenome
      • SADI Support tools
      • DBCLS TogoWS tools
      • DBCLS text mining tools
      • DBCLS DBsearch tools
      • DBCLS togo search tools using RDF
      • Semantic web tools
    • Send data
      • DBCLS twitter notifier
    • Text manipulation
      • add column tools
      • PFam Location
      • PDBJ Location
      • Generate Link
      • Generate RSS
    • Convert formats
      • TogoWS Convert
      • RDF Converter
    • DBCLS
      • Bookmarks
    • EMBOSS
      • (emboss tools)
  • テスト用データのリストアップ
    • HumanのRNA-Seqで解析対象とすべきデータ一覧をつくります
  • UGE docker のテスト
    • 遺伝研のDBCLSノード (というのがあります) で試そうとしました
      • しかし環境設定ができませんでした
        • UGE 8.3.2であればdocker対応している
          • dockerがインストールされているノードを検知し、dockerがどれくらいリソースを使っているかUGEが把握できる、という意味でdocker対応とのこと
        • しかしDockerのバージョンが1.8以降でなければUGEとの連携はできない
        • Docker 1.8 はRHEL7系でなければ動かない
        • RHEL7系だとLustreがマウントできないので共有ファイルシステムが使えない <-いまここ
      • 詰んだ
新海
  • Galaxy の GUI によるテストを作成中(Admin でログインできているかどうかを確認する部分)
新海
  • 仕事が立て込んでおり出席できませんでした。すみません。次回までにはもう少し準備した上で参加したいと思っています…。
那須野
  • 大田さんにリストアップしていただいたコンテナ化すべきツールについての調査メモを掲示板経由で共有しました。
  • コンテナ化の手順/方針を一通り確認済みで、registration が必要な GATK と annovar 以外は特に問題は無さそう。
  • Slack Team https://pitagora-galaxy.slack.com を確保しました。