Meetup 2016-02

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
  • MiGAP/MeGAP with 服部さん, 小笠原さん
    • それぞれのappのコンテナ化は完了している
    • BlastのDBについて
      • 既存のMiGAPではlocalblastを使っている
      • サイズがでかい (数百GB) ので,Web API を使う方向を検討すべし
    • MeGAPからピタゴラVM上でGalaxyツール化 (服部さん)
  • DNApod with 望月さん
    • perl をベースコンテナに 自作perlスクリプトを動かすところを試す (望月さん)
  • 遺伝研ツール群のGalaxyツール化
    • 15時からミーティング
      • 前回のまとめ
        • 遺伝研Galaxyで動いていた4つのワークフローをピタゴラVMに移植する
        • 正確には Galaxy でいうところの "ワークフロー" ではなく、ワークフローとして繋ぐことのできるツール群
        • 並木さんにお願いする開発方針
          • ピタゴラVM上にワークフローに必要な実行ファイルをインストール
          • Galaxyツール化に必要なラッパーXMLを書く
          • ラッパーXMLをtoolshedに登録する
      • 本日共有すべきこと
        • 現在の進捗(並木さん)
        • 課題と優先順位
        • 最終的な納品形態
          • ピタゴラVMを遺伝研から配布する
            • 4つのワークフローが全て実行できる状態
              • 実行ファイルはVMにインストール済み
              • ラッパーXMLはtoolshedに登録済み
  • DBCLS Galaxy tool を移植する案件についてツール調査中
那須野
  • Tool Shed リポジトリに、 http://hub.docker.com/u/nasuno に登録済みの Galaxy Tool コンテナを登録してみた。
  • GalaxyサーバのDockerコンテナを提供する際の初期化手段について、石井さんの取り組みを聞いた。
    • adminユーザの登録、Pitagoraツールの追加などインストール後にすぐ使えるようになるまでの設定手順の自動化など
    • BioBlendなどで公式のAPIでやる→できないこともある
    • 直接DBさわる→簡単だがスマートでない
    • Seleniumなどで画面操作を再現する
    • などなど。。
小寺
  • 前回参加は11月でした。[[1]]
  • 思い出すためのメモ [[2]]
  • 「試してみよう ツールのコンテナ化」を参考に進めてみた。
    • 「$ sudo docker build -t ryotas/hellogalaxy hellogalaxy」をVM上でやるということを理解してなかったので、MacOSX上でやろうとして失敗した。
    • ブラウザで http://192.168.56.10:8080/ を確認。
    • ssh -l galaxy 192.168.56.10 を試みるも WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! というエラー
    • ~/.ssh/known_hosts から 192.168.56.10 の行を消して解決。
    • $ sudo docker push ryotas/hellodocker が実行できずに詰まる
  • 天丼
  • 「はじめよう ツール開発」のほうをやる。
    • 「Tool Shed にツールを登録する」の手前までやった。
  • 「試してみよう ツールのコンテナ化」に戻る。
    • 「Tool Shed へ Docker 版のツールを登録」の手前までやった。
  • 4月のワークショップの発表内容をぼんやり考え
中岡
  • Microarray transcriptome 解析パイプライン (ほぼ構築済み) を Galaxy に実装する作業。Ilumina BeadChip (Human および Mouse の主要プラットフォームのみ対応予定) の normalization が未実装なので、本日作成予定。RNA-seq transcriptome 解析パイプラインと統合する。
    • Illumina BeadChip の NCBI 登録 (non-normalized.txt) を normalization する課題に取り組んだ。package "limma" の関数 read.ilmn() がエラーで動かないままだったので、マニュアルで non-normalized expression data を読み込み、package Biobase の ExpressionSet() を用いて ExpressionSet class に変換しなければならないことがわかった。Illumina BeadChip の公共データなど含めたデータは全て、normalized data したものを使う方がいい。
  • Docker 経由で R と R Bioconductor package も含めてツールをインストールできるようにしたいが、完全についていけていない。まずは理解できるよう頑張る。
    • 全くできなかった。ピンチ。
服部
  • PitagoraGalaxyにMiGAPとMeGAPをツール登録する予定だったが、小笠原研の奥田さんがDocker in Dockerを使ってGalaxyコンテナを立ててMiGAP前半のツール群の導入およびワークフローを作るところまでやってくださったので、非常に助かりました。
  • 今後はMiGAPの残り部分の作成と、MeGAPのgalaxy追加を行う予定。