Meetup 2016-03

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
  • VM 0.3.1 Beta2 の作成
    • VM 0.3.1 Beta は samtools がないので BAM がアップできない問題がある。完成次第、開発している皆様に配布予定
    • 手順はこのページのここ以降: 手順
    • 情報研のネットワーク環境ではツールまとめの作業が難しい(今後注意したい)
  • ツールまとめ作業開始
    • Docker 化が必要なもの/そうでないものをまとめて、完成したものから追加していく:こちら
  • Cufflinks の Docker バージョン XML 作成
    • Docker イメージは那須野さんのもの
大田
小寺
  • http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/KotMemo
  • VM が立ち上がらない。
    • VM中にPitagora-Galaxy-0.2.3 が4つ、Pitagora-Galaxy-0.3.1-Beta が1つ入ってる。そのうちのPitagora-Galaxy-0.2.3 2つが「保存」になっているが立ち上がらず(下図参照)、残り3つは空っぽ。
    • スクショ %E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_10.26.08.png
    • 対応策:「保存状態を破棄」してから立ち上げ直した。たぶん解決。
    • と思ったけど Admin を見ようと思ったらエラー。
    • 結局最初から入れ直すことにする。
  • http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Versions からVersion 0.2.4をダウンロード
  • Trinity と RSEM とTransDecoder を入れようとする。ToolShedにたくさん選択肢がある場合、何を基準に選べば良いの?
    • スクショ %E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_11.58.36.png
    • スクショ %E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_12.21.48.png
    • スクショ %E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_12.35.06.png
    • ターミナルで tail -f ~/galaxy-dist/paster.log を見ないと進行が分からないのはちょっとしんどいな。
    • biomonika さんの trinityrnaseq を入れて、bash_profile の path をいじると簡単に動作した。
鈴木
望月
  • DNApod ワークフローの公開までの流れを山中さんと決めた。
    • NIG で作っているVM イメージはNIGから公開していい。
    • DNApod ワークフローをピタゴラ galaxy で公開して頂くために、git hub / docker hub / toolshed の登録をする。
    • 山中さんテスト用+ユーザへの提供用にサンプルデータを用意し、マニュアルへの記載。



  • DNApod ワークフローのツール群の一部 (docker 化が終わっているもの)をgit hub / docker hub / toolshed の登録した。
    • 一つ、なぜか動かないツールがあった。ネットワーク???家で試してみる。
新海
  • 山中さんと今後の方針について打ち合わせ
  • 久々なのでとりあえず状況の再確認から入る
  • 要確認http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Admin_Variant_Calling_01
池田
  • 構築手順 0.3.xを用いたVMの作成
    • VM環境 VMWare Fusion Version 8.1.0
  • 手順書に若干の問題
    • docker, docker-registry がインストールされない
    • 次のファイルが無い~/install/galaxy.ini

上記の手順に基づくpython fabfile.py の作成

  • ホストシステム上からVMにコマンドを発行することで、一連の作業を自動化