Meetup 2016-06

From Pitagora-Galaxy Wiki
Jump to: navigation, search

Main Page >> Events >>

主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2016年6月9日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
  • 発注仕様書を書いていた
    • 色々とコンテナ化してもらったりテストデータの解析をしてもらってコンテナ化したツールの性能検証したり
    • コンテナが増えるよ!
  • download.pitagora-galaxy.org が EBS backed EC2 なので S3 でホスティングしたら安くなるんじゃないかなと
小寺
池田
  • GWT資料確認
  • Cent OS 7から Ubuntu 16.04 LTS serverへの移行
    • 仮想マシン構築 on VMware Fusion
    • Software Selection
    • LAMP server
    • standard system utilities
    • OpenSSH server
  • pitagaora galaxy 環境構築
    • CentOS 7.0用Fabricファイルから、Ubuntu 16.04 LTS版への移植
    • ホストマシンのmacから次のコマンドを利用して環境を設定


基本パッケージ、python2.7.11、galaxy, pitagora-galaxy, docker, pycryptoのインストール, mysqlのイニシャライズ

 fab -u galaxy -p XXXX --host=192.168.184.138 config_pre

システム環境の設定

 fab -u galaxy -p XXXX --host=192.168.184.138 config_system

(ロゴの変更部等は時間切れで未実装)

インストールしているライブラリは下記

base_packages = [
   'build-essential', 'checkinstall',  # Gnu's essential tool to build
   # build-essential contains 'libc6-dev', 'dpkg-dev', 'g++', 'gcc', 'make'
   'sqlite3', 'libsqlite3-dev', 'zlib1g', 'zlib1g-dev',
   'libbz2-1.0', 'bzip2-doc', 'libbz2-dev',
   'libssl-dev', 'libssl-doc',
   'ncurses-doc', 'libncurses-dev', 'libncursesw5-dev',
   'libtinfo-dev',
   'mysql-client', 'libmysqlclient-dev',
   'acpid',
   'libreadline-gplv2-dev', 'tk-dev', 'libgdbm-dev',
   'git', 'vsftpd', 'vim', 'wget',
   'php7.0', 'php7.0-mbstring',
   'php-mysql',
   'default-jre', 'gfortran',
   'patch',
   'apt-transport-https', 'ca-certificates',
   # Following file should be modified as linux-image-extra-$(uname -r)
   'linux-image-extra-4.4.0-21-generic',
]


Docker のインストール部分

def _sudo(items):
   # base module for apt-get install
   sudo('apt-get update')
   for item in items:
       sudo('apt-get install {}'.format(item))

docker_packages = [
    # install docker package
    'docker-engine', 
]
def install_docker():
   sudo('apt-key adv --keyserver hkp://p80.pool.sks-keyservers.net:80 --recv-keys 58118E89F3A912897C070ADBF76221572C52609D')
   sudo('echo "deb https://apt.dockerproject.org/repo ubuntu-xenial main" > /etc/apt/sources.list.d/docker.list')
   sudo('apt-get update')
   _sudo(docker_packages)
   sudo('apt-get purge lxc-docker')
   sudo('apt-cache policy docker-engine')