Meetup 2016-07

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2016年7月8日(金)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
  • 情報数理バイオ矢葺さんと打ち合わせ
    • 以下がコンテナ化完了、テストデータで実行します => テストデータ選定中, これぞというデータがあれば教えてください
    • abyss
    • docker-a5-miseq
    • idba
    • megahit
    • meraculous2-docker
    • minia
    • sga
    • soap-denovo
    • spades
    • sparse-assembler
    • velvet
    • velvet-optimiser
    • BWA・samtools → GATK・Picard → Annovar
    • Bowtie2・samtools → GATK・Picard → Annovar
    • LAST・samtools → GATK・Picard → Annovar
    • Tophat2 → Cufflinks(cufflinksコマンドでFPKMを出すところまで)
    • STAR → Cufflinks(同上)
    • HiSAT2 → Cufflinks(同上)
    • Tophat2 → eXpress
    • STAR → eXpress
    • HiSAT2 → eXpress
    • Tophat2 → StringTie
    • STAR → StringTie
    • HiSAT2 → StringTie
  • annovarをダウンロードしたり
  • 中岡さんと次回🐳の作業をします
中岡

18:00 〜電気通信大学@調布で会議なので、それまで滞在・作業予定です。


鈴木
池田
  • Ubuntu上にpitagoraの導入の続き
Linux pitagora 4.4.0-28-generic #47-Ubuntu SMP Fri Jun 24 10:09:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

mysqlとgalaxyがsockで接続できないエラーが発生

>sudo apt show mysql-server-core-5.7
Package: mysql-server-core-5.7
Version: 5.7.12-0ubuntu1.1
...

Ubuntu 上でインストールされるmysqlのsocketの場所が '/var/run/mysqld/mysqld.sock'

galaxy が利用するソケット '/var/lib/mysql/mysql.sock'

galaxyのコンフィグファイルを修正して調整するため

~/galaxyconfig/galaxy.iniを書換

   #database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
   database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
  • VarDictをUbuntu版pitagoraに導入

2016-05と基本的には同様の作業を行う

openjdk-9では、VarDictのmake を実行するgradeがjavaのバージョン判定に失敗するのでopenjdk-8を導入の事

mkdir ~/galaxy/tools/vardict
git clone --recursive https://github.com/AstraZeneca-NGS/VarDictJava.git
sudo apt install openjdk-8-jdk-headless
cd VarDictJata
./gradlew clean installApp

source ~/galaxy/.venv/bin/activate
pip install planemo
planemo tool_init --force \
     --id 'vardictjava' \
     --name 'VarDictJava' \
     --requirement vardectjava \
     --example_command './VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict -G 1.ref -f $af_thr -N $sample_name -b 1.bam -z -c 1 -S 2 -E 3 -g 4 1.bed | ./VarDictJava/VarDictJava/teststrandbias.R | ./VarDictJava/VarDict/var2vcf_valid.pl -N $sample_name -E -f $af_thr' \
     --example_input 1.ref \
     --example_input 1.bam \
     --example_input 1.bed \
     --example_output 2.fasta \
     --help_from_command '~/work/VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict -H'

planemoを利用して、toolのインターフェィスを記述するxmlを作成後、結局xmlを手書きで編集する必要がある。

xmlを修正する毎に、galaxyを再起動するのが煩雑。もう少し容易に確認するてだては無いか?

  • Admin ユーザーで、Admin > Reload Tools みたいなのがあるかと思いますが、GUI なので面倒です。これに対応する API はなさそう…(山中)
那須野
石井
  • Galaxyのオフィシャルdockerイメージを使うときには外部スケジューラにも"galaxy"ユーザがいないと使えないよ!
  • Galaxyコンテナ内でGalaxyの実行ユーザを変更するには?修正が必要なのか、何かしらの実行引数を与えるべきか
  • Slurmに接続するために必要なこと
望月

Genotype imputation workflow こちらのスライドの続き。(http://www.slideshare.net/TakakoMochizuki1/biohackathon2016-63160040)

Beagle というimputation tool を使っているが、human 用に開発されているため、植物のcultivarに適用すると ヘテロを多く予測しすぎる傾向があるため、解析ワークフローと私の精度検証用のプログラムをgalaxy に組み込んで、 分生あたりで発表するデータと解析ツールを同時並行で開発中ですが、、、、まだまだ先行きは長いそう...orz