Meetup 2016-08

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2016年8月4日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
$ vi ~/galaxy/lib/galaxy/jobs/runners/__init__.py#L329
#compute_working_directory = job_wrapper.tool_working_directory
compute_working_directory = job_wrapper.working_directory
大田
  • Bridger を例に kot さんに 🐳 を解説しました
  • 遺伝研スパコンのdockerテスト用ノードでコンテナテスト
    • UIDを指定せずにdockerを立ち上げるて -v でホストのファイルシステムをマウントすると root で読み書きができて本当に危険
    • テスト環境とはいえどげんかせんといかん
  • ツールコンテナ化の打ち合わせ w/ 矢葺さん、那須野さん
    • アセンブラのコンテナ @ http://nucleotid.es を試してもらう
      • コンテナ内のツールを実行するための Proc / Run というファイルがバンドルされており親切だが柔軟ではない…
      • アセンブラはメモリが足りないとガンガン落ちるので厳しい
  • コンテナテストデータを用意したりしてました
小寺
    [galaxy@localhost trinityrnaseq]$ sudo docker images
    REPOSITORY                     TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE
    <none>                         <none>              eb1064154281        3 minutes ago       1.279 GB
    maskot/bridger                 0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB
    maskot1977/bridger             0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB
    docker.io/sglim2/centos7       latest              27aa64419a72        33 hours ago        638 MB
    docker.io/ubuntu               trusty              87d8afb341b5        12 days ago         187.9 MB
    docker.io/maskot/hellogalaxy   latest              e146e00f19ed        5 months ago        196.6 MB
池田

VM上の ubuntuの仮想マシンのroot の password を変更して思い出せなくなり、パスワードをリセット リセット方法は下記を参照

http://askubuntu.com/questions/24006/how-do-i-reset-a-lost-administrative-password

  • Galaxy環境の微調整

ヘッダーの記述をGalaxy => Pitagora-Galaxyに変更

  • 左上のタイトル(Analyze Data 以外)
> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/layout
> cp masthead.js masthead.js.bak
> cat masthead.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy "/navbarBrandTitle.html("Pitagora-Galaxy "/' > masthead.js
  • 左上のタイトル(Analyze Data)
> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/bundled
> mv libs.bundled.js  libs.bundled.js.bak
> cat  libs.bundled.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy "/navbarBrandTitle.html("Pitagora-Galaxy "/' > libs.bundled.js
  • Pitagora アイコン(Analyze Data)
> cd /home/galaxy/galaxy/static/images
> mv galaxyIcon_noText.png galaxyIcon_noText.png.bak
> wget galaxyIcon_noText.png
  • Pitagora アイコン(Analyze Data 以外)

不明

Favicon

> cd /home/galaxy/galaxy/static
> mv favicon.ico favicon.ico.bak
> wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/favicon.ico
  • 自動起動設定部分(エラー部分はservice の記述ファイルのフォーマットに起因するもの。Galaxyの動作には影響しないので無修正)
>sudo systemctl enable apache2
apache2.service is not a native service, redirecting to systemd-sysv-install
Executing /lib/systemd/systemd-sysv-install enable apache2
insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides
  • この環境を構築しているUbuntuのバージョン
> lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID:	Ubuntu
Description:	Ubuntu 16.04.1 LTS 
Release:	16.04
Codename:	xenial
  • VarDictインターフェイスの記述追加

VarDictJavaのためのインターフェイス設定

那須野
鈴木
望月

Genotype Imputation ワークフロー作成

  • p-galaxy に bcftools 関連をインストール中。
  • multi VCF ファイルに記載された集団に、3rd アリルがあるポジションをremove するperl を作ったので p-galaxy に入れようしている作業中。
  • (今後のことを考えると Docker 化した方がいいのか悩むけど、今は気づかなかったことにしている...いつか思い出すかも。)