Meetup 2017-01

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年1月5日(木)
  • 場所: 国立情報学研究所(神保町)1901 会議室
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
  • Qiime の Contribution Fest に参加したい
    • この機に最近のツール開発を勉強する
      • dependency packages は conda を使うようになっている
      • IUC の GitHub で wrapper をどうやって開発しているかも知りたい
  • GAMe で日本からは 4人 が口頭発表決定!
    • プログラムは こちら。みんなで参加しよう!
      • リモートで日本に繋いだりしたい。2月4日(土)11:20〜 どうですか?
大田
  • 原稿を書く
    • 原稿を書くためには FaQC の debug をしなければいけないのでする
  • DBCLS サーバに Pitagora Galaxy を建てる
  • Galaxy Community 2017年 戦略会議をしましょう
池田
  • planemoで自動生成されたコマンドの説明に関わるエラーについて
-t 	Indicate to remove duplicated reads. Only one pair with same start positions will be kept
System Message: WARNING/2 (<string>, line 68)
Option list ends without a blank line; unexpected unindent.
-th <INT> Threads count. -V <freq> The lowest frequency in normal sample allowed for a putative somatic mutations. Default to 0.05 -v VCF format output -VS <STRICT | LENIENT | SILENT> How strict to be when reading a SAM or BAM.

上記で発生するエラー Option list ends without a blank line; unexpected unindent. は

-T <INT>                          Trim bases after [INT] bases in the reads
-t                                Indicate to remove duplicated reads.  Only one pair with same start positions will be kept
-th <INT>                         Threads count.
-V <freq>                         The lowest frequency in normal sample allowed for a putative somatic mutations.  Default to 0.05
-v                                VCF format output
-VS <STRICT | LENIENT | SILENT>   How strict to be when reading a SAM or BAM.
                                  STRICT	- throw an exception if something looks wrong.
                                  LENIENT	- Emit warnings but keep going if possible.
                                  SILENT	- Like LENIENT, only don't emit warning messages.
                                  Default: LENIENT
-X <INT>                          Extension of bp to look for mismatches after insersion or deletion.  Default to 3 bp, or only calls when they're within 3 bp.
-x <INT>                          The number of nucleotide to extend for each segment, default: 0
-y
-Z <double>                       For downsampling fraction.  e.g. 0.7 means roughly 70% downsampling.  Default: No downsampling.  Use with caution. The downsampling will be random and non-reproducible.
-z <0/1>                          Indicate wehther is zero-based cooridates, as IGV does.  Default: 1 for BED file or amplicon BED file. Use 0 to turn it off. When use -R option, it's set to 0

上記の通りStructured textとしては問題は無い。 回避策として、エラー発生ヶ所の前後に改行を置くことでエラーは回避される。

エラーは次のような場合に発生している。

  • "-"の後のオプションは2文字以上の場合
  • オプションの説明が無い場合

詳細は不明

那須野
  • 建物内でeduroam以外にWi2 公衆無線LANサービス http://wi2.co.jp/jp/300/ が提供されていました。
    • Wi2_club / WPA2 PSK
  • Galaxy release_16.10を試す
    • Galaxyのデータベースに蓄積されるジョブ実行履歴を拡張して、ワークフローの実行時間予測などに今後活用できるようにしたい。
      • ツール実行時の各種メトリクス(CPU、メモリ、ディスク使用量など)を収集して、例えば、それを元に最適なJob Runnerを選択するとか。
    • Galaxyの公式リリースノート https://docs.galaxyproject.org/en/master/releases/16.10_announce.html
    • Docker for MacでUbuntu 14.04 をベースとして、簡単に動作確認してみた。
    • Tool Dependencyについて
   conda_prefix = /opt/miniconda2
   conda_auto_install = True
鈴木

今年の目標

https://docs.google.com/document/d/162X8s7kEEdZ5i5QBSDJyknsgW673b81p4WuFmklQaBU/edit?usp=sharing