Meetup 2017-02

From Pitagora-Galaxy Wiki
Jump to: navigation, search

Main Page >> Events >>

主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年2月10日(金)
  • 場所: 情報・システム研究機構 URAステーション 会議室(城山トラストタワー33階 http://ura.rois.ac.jp/aboutus/access/
    • 1階エレベーターホール前で守衛さんに身分証ないし名刺を提示する必要があります。その後、エレベーターで33階へどうぞ。部屋に入れない場合は大田までご連絡ください。
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議


Meetup Mini #1

山中
  • Qiime workflow(鈴木さんの項を参照)の各ツールをテスト
    • ちょっと直して PR をマージしてもらった
  • メタゲノム解析の解説は こちら のサイトが嬉しい
  • GAMe の資料には手がつかず。。。

IUC の Qiime ツールを使う

$ cd ~
$ git clone ..
$ git checkout qiime
$ cd ~/galaxy/tools
$ ln -s  ~/tools-iuc/qiime
鈴木

Meetup Mini #2

丹生
  • 黙々と GAMe2017 の資料作り。
山中
  • VM 0.3.2 を公開しました Versions
  • インストール手順も更新しました GitHub <-- Special thanks to Nasuno-san!
  • Qiime workflow(鈴木さんの項を参照)を再実行。残るは「core_diversity_analyses.py」
    • Biom Conversion で hdf5 に変換が必要なところまでは突き止めた
    • 【悲報】なにかの header がないようなエラー「TypeError: iteration over a 0-d array」
  • 寺田さんからたくさんの宿題を頂戴しました (((゚Д゚)))ガタガタ
  • そして、GAMe の資料には手がつかず。。。
鈴木

内容

全体
山中
  • 今までのイベントを www.pitagora-galaxy.org のニュースからこちらにまとめました: Events
  • 来年の Galaxy Australasia Meeting は東京開催の可能性があります
大田
  • FastQC, FaQC, Velvet, Kmergenie を使う 乳酸菌ゲノムアセンブリ門田パイプラインの再現をスクショでやりました
  • ピタゴラ論文化について具体的に詰めましょう
    • 何を書く (論文化の目的、論文における目的)
    • どこに出す
    • いつまでに出す
  • todo: download.pitagoga-galaxy.org に md5 の情報をおいとく
池田

Ubuntu Server上にpitagora galaxy docker環境を構築。

galaxy のベースイメージとして、 https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable を採用。pitagoraは上記のイメージを元に変更を加えて commit する。

VMware fusion Version 8.5.3上でUbuntu 16.0.4 server amd64 を構成 Software selection

  • Manual package selection
  • standard system utilities
  • OpenSSH server

を選択 User: pitagora Password: pitagora

VMのシステムにホストからssh で VMに接続 Docker インストール (この時点でVMのイメージは2.5GB)

ピタゴラgalaxyにするdocker を起動 sudo docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 -e "GALAXY_CONFIG_BRAND=Pitagora Galaxy" -v /home/pitagora/galaxy/:/export/ bgruening/galaxy


ホストのブラウザーからhttp://192.168.184.140:8080/に接続を行いgalaxy の起動を確認
下記でgalaxyにログイン
User: admin@galaxy.org
Password: admin
API Key を取得

(ここまでで、VMのサイズは 8.5GB)

docker コンテナに接続

sudo docker exec -i -t コンテナID /bin/bash

ピタゴラのツールをダウンロード git clone https://github.com/pitagora-galaxy/pitagora-galaxy.git

スクリプトの変更事項を確認(途中...)

dockerコンテナ停止・commit してイメージ作成

那須野
  • 大田さんから提供いただいたCWLスクリプトを使って、AWSでcwltool起動→メトリクス収集を自動化するための仕組みを作成中。
    • terraform apply するだけで完結できるようにする(予定)
    • 現状、Bowtie2Indexの配置問題でうまく動かせていない。
石井
  • Galaxy Tricks の翻訳。いずれテストしたい。
  • 翻訳中のもの
* https://github.com/manabuishii/galaxy-tricks/blob/master/README.ja.md)
  • GitHub レポジトリ
* https://github.com/manabuishii/galaxy-tricks/
丹生
望月
  • GAMe を振り返って、報告スライドの作成 (未完了)
  • RNA-seq データからの遺伝子セット構築ワークフローの構築
    • perl スクリプト作成。