Meetup 2017-03

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年3月9日(木)
  • 場所: 暫定、以下のとおりです
    • 10:00-13:00 向かいのタリーズ・コーヒー
    • 13:00-19:00 情報・システム研究機構 URAステーション 会議室(城山トラストタワー33階 http://ura.rois.ac.jp/aboutus/access/
      • 1階エレベーターホール前で守衛さんに身分証ないし名刺を提示する必要があります。その後、エレベーターで33階へどうぞ。部屋に入れない場合は大田までご連絡ください。
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
  • 今年の目標 を振り返って進捗確認
    • VM アップデート(山中、大田、那須野、池田)
      • 0.3.3 GitHub Repository 整理しています(わりと順調)試すとかやってほしい
      • Win 版がない
    • ドキュメント整備(大田)
      • 表ページを GitHub Pages に移行する(未)
    • 公共サーバー公開(大田)
      • サーバーは準備完了、Galaxy 等インストールは未
      • DBCLS Galaxy のデータ移行どうする?(意外と使われている)
    • 論文を書く(大田、鈴木)
      • 未(どういう論文にするか?査読つき?)
      • Reproducible Analysis を達成するための要件をまとめる?
      • 一部、実現しました(VM だけ / Galaxy だけでいいか?)
    • 初心者勉強会(山中)
      • 5/10 水 を予定
      • Galaxy の一般的な使い方(PPAP 的な?)4月の Meetup で決定する
      • Galaxy 以外の ReX Tools も: Zeppelin, ...
    • 学会関連(山中)
      • GAMe はいろいろ発表できた、次回の GAMe Tokyo の可能性もあり
      • GCC?
      • 国内学会は未定
    • Contribution(石井)
      • いつまで続くかはわからない
    • ポッドキャストする(石井)
    • おかねをかせぐ(山中)
      • グラント申請(未検討)
  • 積み残しタスク
山中
  • Galaxy 関連
    • 先月の GAMe まで頑張ったので、今日は Galaxy 関連作業はなし
    • GCC 2017 の口頭発表締切は 4/15 です
  • その他
    • Enterprise Reproducible Analytics(ERA)勉強会(仮称)の内容を考える
    • Apache Zeppelin
大田
  • 色々のワークフローの CWL ファイルをIMSBioの矢葺さんが作ってくれました
  • STAR/RSEM のワークフローを大量に流す
    • CWL でやりたい
      • Galaxy に突っ込んで流してみたい
    • 突っ込むデータをリストアップしていた
      • DDBJのディスク障害でリストの検証ができない。。
石井

docker galaxy stable のコンテナが、aufs(多分、overlay)を使っているdockerだと起動できない問題について、報告をした。WORKAROUNDも作って、それが動くことも報告した。

望月

遺伝研スパコンの切り出し環境で構築している docker in docker galaxy に DNApod のツールを入れて、環境確認を行った。 Reference Database 置き場など、遺伝研所内で検討する課題を見つけた。 動作検証が、ポケット wifi からだとできなかったので、今日はここまで。

Tool Shed にあった、HiSat2, Cufflinks, StringTie をロードして、そのまま、使用できるのかを確認中。 ToolShed の StringTie (ver. 1.2.3) 2016-07-13 (最新は、ver.1.3.3)で 開発がとまってしまっているし、インポートできない。 ポケットwifi だからか?

丹生

Galaxy の mulled (Docker image を動的に pull して実行する)機能を biocontainer 以外でも使いたい。

  • lib/galaxy/tools/deps/container_resolvers/{mulled.py,explicit.py} に関連ソースがある
    • explicit.ExplicitContainerResolver には pull する機能はなさそう
    • mulled.{CachedMulledContainerResolver, MulledContainerResolver, BuildMulledContainerResolver} が pull して実行する ContainerResolver
      • コンストラクタの namespace を変えることで、biocontainer 以外のリポジトリを参照可能
      • Docker レジストリサーバーは quay.io がハードコートされている (mulled.MulledContainerResolver)
  • 適切な ContainerResolver を選択するのは lib/galaxy/tools/deps/container.py にある ContainerRegistry#__default_containers_resolvers
    • quay.io 以外を参照できる ContainerResolver を作成 -> __default_containers_resolvers に作成した Resolver を追加するのが手っ取り早そう
那須野
  • Galaxy Job Runner の Dynamic Destination Mapping の必要があって調べていたところ、以下のようなツールを発見。
池田

GAMe 2017 - Galaxy Australasia Meeting 2017で発表されていたMorin lab(Ryan Morin, Simon Fraser University, Canada)のcancer 解析galaxyを利用

>docker pull morinlab/cancergenomicsgalaxy:0.1

Docker CE: Version 17.03.0-ce-mac2 (15654) を利用

PPAP(仮) Workflow: 作成 cut, paste を利用

末竹

勉強させていただきます。

鈴木

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