Meetup 2017-04

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年4月5日(水)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
  • 先月の GAMe まで頑張ったので、今日は Galaxy 関連作業はなし
  • GCC 2017 の口頭発表締切は 4/15 です
  • Reproducible Analytics 勉強会(仮称)の内容を考える
  • Apache Zeppelin について少し書いた
大田
小寺
石井
  • planemo 0.40.0 のイメージを作成中
  • 大田さんに、バイオインフォマティクスのツールのメトリクスの取り方についてきいた
望月
  • NIG スパコン docker in docker galaxy で docker ツールが引き続き動作しない。
    • pitagora VM galaxy と同じ設定をしたが、それでも動作しないため、NIG 環境構築をしてくださった方に質問のメールをしている。
    • 私のツール群としては docker 化を切り捨てる?悩んでいます。
  • Fastq file の QV フィルタツール (Trimmomatic-0.36) が、tool shed 上のものが動作しないので、自作している。
    • tool.xml を作成中で終了。
末竹
  • RNA-seq で得られた fastq ファイルを Bringer を使ってアセンブルし、配列の中にどれがどの Pfam ドメインを持っているかを HMMER を用いて同定し、結果をビジュアライズするワークフローを作成中
  • docker の勉強をした
  • Bringer のdocker コンテナを作成した
    • docker コンテナを作成する際、dockerfile を書くが、結局 make して出たエラーのライブラリを apt-get するだけだから、dockerfile を自動生成することが出来るのではないか
    • docker コンテナを galaxy に登録する際、input,output のラッパーを書かないといけないが、これを GUI のプルダウンメニューでファイルの形式を指定して、docker Hub のID を入れるだけでラッパーを生成してくれるように出来ないか
  • Workflow Bridger <-- ここに書いていきませんか(山中)
那須野
  • wrap up から参加しました!
  • cwltool by terraform @AWS
  • Galaxy の ジョブ実行先 Dockerホストを動的に決めるためのフレームワークとしてのJobRunner実装
武井
  •  GalaxyのVMをインストール
  •  Docker file作成~pushまでを実施
  •  ZeppelinからDocker呼ぶところを検討
コピー用