Meetup 2017-05

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年5月10日(水)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-17:00 ツールの開発
17:00-17:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

併催イベント

Meetup 後、市民講座「オープンデータを分析する 〜 微生物ゲノム編」にて Galaxy を紹介します。

内容

全体
山中
大田
  • FaQCs を Galaxy にインストールする
    • 門田さんに頼まれている原稿で使う
    • インストールスクリプトを作ったけど、WindowsだとVirtualboxのコンソールからインストールするのはしんどい
    • Rがdependenciesに入っているのでtoolshedに入れたくない
    • docker でやりたいが 0.3系 VM for Windows はまだ表に出ていない
    • 0.3系VM for Windows を作ろうということになった ←結論
  • 現場の会のハンズオンについて
    • アドリブでやります
    • Galaxy の概要 (おおた), Public Galaxy Server について (すずき)
  • Terraform で CWL を AWS 上に Launch する件について
    • 那須野さんから教えを授かる
  • 資源最適配置の設計について
    • いのちだいじに
丹生
  • mulled を dockerhub や、自分のリポジトリの docker image にも対応させたい
  • 再構成システムに関する今後の方針について議論
末竹
  • 実際、自分が Galaxy で何をやるかの確認
    • 自身の卒論のテーマは『二次代謝生合成系遺伝子の転写解析』
    • それらのフローを Galaxy 内で構築したい
  • 自分が使うツール群の Docker コンテナの用意を行った
    • Alpine とか使ってなるべく軽い Docker Image の用意を行いたかったが、相性とかあってめんどくさかった
  • ツールを Galaxy 内で使えるようにしたいが、Tool Shed や Planemo は割りと沼みたいだから避けたい
    • 自分で仮想環境を立ててそこでフローを構築してもいいが、それだと Galaxy じゃなくていいじゃんってなる
    • ツールの xml ラッパーを書いて、Pitagola の方にツールを登録して貰い、Pitagola 内でワークフローを書く
那須野
  • Galaxyによる動的再構成アーキテクチャーについて、大田さん、丹生さんと議論。
  • Galaxy の DB スキーマの調査
鈴木
Richard Hugues
  • Prepared presentation to citizen scientist on metagenomics and the metasub Paris project.
Anish MS Shrestha
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