Meetup 2017-06

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年6月7日(水)
  • 場所: 東京工業大学 緑が丘キャンパス 緑が丘6号館2階 203ミーティングスペース (map)
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

全体
山中
  • AMI で公開していた 0.3.3 の VM 版が未作成だったので、作成して公開しました >> Versions
  • はじめよう Galaxy 仮想マシン編 を更新
    • VM を Windows で起動したときにエラーが出るが問題ない旨を記載
    • 0.3.3 に合わせてスクリーンショットを張り替え
  • Grobal City Sampling Day に向けて metaphlan などのワークフローを整備中
大田
  • 門田さん原稿 (乳酸菌学会誌でのgalaxyチュートリアル) の英文要旨を書いた
  • FaQCs (https://github.com/inutano/FaQCs) を toolshed に登録する
    • docker化済
    • 元々のツール作者が galaxy 用 XML を書いてくれている
    • planemo で XML の validate 済
    • 動いた、ちゃんと出力も出た、しかし終了ステータスが0でないためか、正常に完了しているのにパネルが赤くなる
      • ここを解決すれば登録できそう、あと一息
        • パネルが赤くなるのは標準エラー出力にメッセージが出ているのが原因!!!
          • tool XML の command の最後に 2>&1 として標準エラー出力を全部1番に送るのがイージーな解決策
            • できた
          • でもこれだと本当にエラーが出たときに困るので FaQCs.pl に手を入れるべきっぽい
            • "Warning: unable to close filehandle properly: Bad file descriptor during global destruction" というエラーが標準エラー出力に出ているのが悪い、perlのコードで閉じるべきところを閉じればよいっぽい
      • perlの方のコードいじって toolshed に入れときます
池田

NGS現場の会のハンズオンの質問の時点で要望が有ったcsvをキーコラムの情報でつなげるツールの作成toolshedに放り込み予定

file1.csv

1  10  100  a
3  30  300  b

file2.csv

1  10  100  a
2  20  200  b

Column1をキーとしてファイルをjoinした結果

1  10.0  100.0    a  10.0  100.0    a
2   NaN    NaN  NaN  20.0  200.0    b
3  30.0  300.0    b   NaN    NaN  NaN

インターフェイスのxml実装は未だ...面倒だな...


pitagora docker 作成の予備調査

  • 目標: 小さなBase imageの作成 Pitagora-Galaxy 0.3.3 を基として他のサービス及びReference Genome等をdocker compose で統合
    • pitagora-galaxy-docker: Ubuntu 14.04 + Python and gcc(Dockerfile)
    • Mysql:実行イメージ(docker hub)
    • Apache or ngix:実行イメージ(docker hub)
    • Reference Genome: Storage(実行イメージを含まない FROM stable)

https://github.com/pitagora-galaxy/pitagora-galaxy 01_install.sh に対してpull request

鈴木
那須野
  • NII学術情報基盤オープンフォーラム2017向けのスライド作成に専念。
  • 明日午後の「クラウドトラック」セッションでGalaxyに関する話をします。
  • 国内コミュニティとしてのPitagora Galaxyについても言及する予定。
    • Webサイトトップページの一部イメージを引用させてもらいました。
小寺
  • Galaxy をつかって結局何をしたいかというと、(1) 天然物の(未知)代謝経路を予測して (2) そこに de novo RNA-seq のデータを乗せる ということで、(2) の部分は末竹くんにお願いしてるので (1) の部分の整備をしてました。
石井
  • pdb-cloneによる Galaxy デバッグの方法を学んだ
  • Docker Galaxy で workflow がインポートできないとおもっていたが、実際は、エラーページを表示しようとしたときに、docker内の nginx で、エラーがでているようだ。足りないツールをインストールする部分は今度作りたい
末竹
  • 自身の卒論で使いたいワークフロー 『RNA-seq から二次代謝に関わってそうなタンパク質ドメインの発現量を算出する』 の構築を引き続き行った。
    • ワークフローに必要なツール群の把握は大体できた。
    • それらのツール群の Docker Container は用意できた。
    • ツールの Docker Container を Tool Shed に登録する。
      • ひとまず Bridger の ラッパーを書いて自身の仮想マシン上で動かすとこまでやった。
      • Tool Shed に登録しようとしたところ、既に出来の良さそうなものがあったから、それを使えば良いんじゃないってなっている。
    • 今後は自身の仮想マシン上でワークフローを完成させ、Document を書き、Pitagola の方に登録してもらうところまで持っていく。