Meetup 2017-07

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年7月5日(水)
  • 場所: 情報・システム研究機構 URAステーション 会議室(城山トラストタワー33階 http://ura.rois.ac.jp/aboutus/access/
    • 1階エレベーターホール前で守衛さんに身分証ないし名刺を提示する必要があります。
    • その後、エレベーターで33階へどうぞ。部屋に入れない場合は大田までご連絡ください。
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

全体
議論
山中
  • Pitagora Galaxy のインストールスクリプトのバージョン管理方法変更
    • Version 0.3.x の x については GitHub のタグで管理することにしました
    • Version 0.4 系についての議論 >> 構築手順_0.4.x
    • qiime の Galaxy ツールが ToolShed にあがったと思ったら Error
  • 古いヒストリーデータの削除スクリプト作成 >> できなかったので次回持越し
大田
那須野
  • bgruening/galaxy-stableコンテナで、Galaxy + SLURMクラスタの構築手順を検証中。
  • galaxy-stable コンテナには Ubuntu パッケージとして SLURM が含まれているが、SLURMノード単体のコンテナが欲しい場合は以下を docker build すればよい。
 /test/slurm/Dockerfile
  • SLURMクラスタ内のホスト名解決には、Consul(コンテナ)にDNSサービスをさせることにした。
 docker run -d -e 'CONSUL_ALLOW_PRIVILEGED_PORTS=' consul agent -server -bootstrap -dns-port=53 -recursor=8.8.8.8
  • ツール定義、リファレンスデータなどをEBSボリュームに固めて、クラスタ開始時に共有FSにマウントして使う方針に。
  • 入力データの投入方法については、当面は Web UI or FTP でアップロードするしかないか。
  • [TODO] SLURMの各計算ノード環境にいくつかのツールをインストールしておく必要がある(Dockerコンテナ型ツールに限定したほうがよいかも)
石井
  • GCC2017の紹介
  • cwl 64 秒動画の日本語訳作成
  • cwltool のリリース方法について丹生さんと議論
  • github の galaxyproject/training-material に、issue を立てたtraining-translation について
    • フランスのコミュニティは、フランス語化についてすすめていきたい様子。
丹生
  • cwltool のリリースプロセスを考えていた (cwltool PR #403))
    • 現在はリリース作業は心温まる手作業、テストは Jenkins と Travis、Jenkins が Dockerhub に push
      • 問題点
        • Jenkins のテストスクリプトなどは PR が出せない
        • Dockerhub に latest タグしかない
    • 最終目標: ローカルでタグを打つ -> Github に push -> (Dockerhub にタグ付きイメージを push, pip にパッケージを upload) まで自動でやりたい
      • できるだけ難しい手順は入れないようにしたい
    • 最初の一歩: Travis からタグ付き Docker イメージを Dockerhub に push できるようにする
    • TODO: 後で .travis.yml 修正して PR 送る
  • CWL in 64 seconds の翻訳お手伝い
志波
田中