Meetup 2017-09

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年9月8日(金)
  • 場所: 国立情報学研究所(神保町)22F 2208 会議室
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

全体
山中
  • 来週のハッカソン「BioHackathon 2017」で Pitagora チームを作る?
    • メンバー
      • 大田さん、鈴木さん、志波さん、新海さん、落合さん、小寺さん、山中?
      • 何するかトーク? 各人の Effort 割合は?
    • 目標
      • 0.4.1 作成(Galaxy がコンテナ、ツールも全部コンテナ)?
      • Qiime2 や MinION ツールなど目的別?
      • 論文目標?
大田
  • download.pitagora-galaxy.org のインスタンスが AWS の棚卸しに従って今日破棄されるので、S3 (http://download.pitagora-galaxy.org.s3-website-ap-northeast-1.amazonaws.com/) に乗り換える
    • データの確認
      • VMは Pitagora-Galaxy-0.3.1-Beta.ova まで同期されてる
    • 今後のアップロードの手順と権限についての確認
      • おおたがブラウザ経由でアップロードするか、AWS CLI を使うか
      • CLI 設定します
    • DNSの設定 (山中さんにお願いする)
      • してもらった。どうもです!
  • 明日からのBHの準備で死んでいた
    • プレゼンまだできてない^q^
鈴木
池田
  • Docker関連

目的: Pitagora-galaxy ツールdocker化の促進

Pitagora-galaxyのツールとしてdocker化したコンテナをルート権限が無いシステム上で利用する方法の模索

  • コンテナランタイム一覧

丹生さんが紹介してくれた下記のデータを元にシートを作成 awesome-containers

  • Docker関連ツールシートアップデート

ドッカー関連データシート

上記を検討した結果、udockerの活用を検討

システムのルート権限が無くDockerが標準でインストールできない環境でも udockerを利用すればdockerイメージを流用可能

udocker psは動作しているコンテナでは無く、展開されたディスクイメージのリストとなっている。

 (.udocker) -bash-4.2$ udocker ps
 CONTAINER ID                         P M NAMES              IMAGE
 23821eea-1d44-3ce0-817f-5b0004b9b218 . W ['rh7']            rhel7:latest
 fb390c8d-8b41-3761-8468-c85420a4f56c . W ['samtools']       biocontainers/samtools:latest
 6f083991-651b-3963-84fe-dfbae73363f7 . W ['r']              bioconductor/devel_core2:latest
 1aa2a1c6-9d32-3a54-868c-957b302714fd . W                    centos:latest
 018753fe-f7ab-3a2d-900e-fe02992c93d8 . W                    centos:latest
 92c47f1f-f678-3c89-a0a2-afc5495d5c1e . W ['cufflinks']      stevelee/cufflinks:latest
 3cf6cf15-219f-366c-b8af-920238d0ab88 . W ['gatk4']          broadinstitute/gatk:latest
 0cc5dd54-000a-3918-8b19-00f7e7032389 . W ['cent']           centos:latest

プロセスを実行時は実system上のアプリケーションで有ることに注意が必要。

志波
  • Galaxy Tool Shed (sandbox for testing) にある MinION 関連ツール
    • Albacore(本体は自分でインストールする必要あり)
    • poretools
    • canu
    • nanopolish
那須野
  • Dockerコンテナイメージをroot権限無しでインストール&実行可能な udocker を検証中。
    • 既存のDockerイメージが変換無しでそのまま利用可能。
    • udocker create してから udocker run する。
    • ファイルシステムレベルの隔離だけなので、ネットワーク機能などはホスト環境がそのまま利用される。
    • docker-galaxy-stable が動かせるかどうか確認しておきたいところ。
丹生
  • cwl ファイル内の情報をさくっと取れるツールを作成して公開した
    • https://github.com/tom-tan/cwl-inspector
    • `./cwl-inspector echo.cwl inputs.input.label` とかで、id が input の入力の label を表示できる
    • `./cwl-inspector echo.cwl commandline` で CommandLineTool の実際の起動コマンドを表示できる
      • ただしまだ不完全
    • cwltool をいじれば起動コマンドの表示はできるよ!という回答はある