Meetup 2017-10

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年10月12日(木)
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター (日本橋)
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-17:00 ツールの開発
17:00-17:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:00 イベント @ Oracle Cafe

内容

全体
山中
大田
  • wiki が落ちまくるのいい加減なんとかしたい
    • GitHub wiki にまるっと全部移植するのは難しそうなのでとりあえず現環境を安定させたい
    • t2.micro に移行しました\(^o^)/
  • 乳酸菌学会誌 galaxy part 1 入稿!!!
  • part 2 のための検証をやります
    • galaxy main で assemble pipeline がどこまでやれるか検証する
    • できればOK, できなければ「続きはpitagora VMで」という感じ
    • 門田研 寺田さんが検証してくださっているところ
  • Galaxy に CWL 食わせる
    • manabu さんの vagrant を up したところで(イメージ落とすのに時間かかって)ギブアップ
    • todo: repos を common-workflow-language/galaxy に変更する
  • はじめよう CWL
    • いい感じの内容が集まりました、みなさまありがとうございます
    • ブラッシュアップして次回ミートアップでのpublishを目指しましょう
末竹
新海
  • hachkerthonでやった内容の確認
    • ローカルのpitagora VMでの再現作業(suspended)
  • wiki記述
    • メモ書き的な作業履歴も書いた方がいい?(検討)

http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflow_GATK4Beta

  • はじめての CWLに初心者質問者側にて参加
石井
  • vagrant で、galaxy 環境を立ち上げれるようん、レポジトリを作った vagrant-galaxy-development
  • はじめての CWL のコマンドラインツール、ワークフロー部分を記述
丹生
  • はじめての CWL の書けること・書けないことリストを書いていた
  • Emacs 用の cwl-mode を書き始めていた
志波
  • Galaxyのツールをちゃんと作る準備
  • VM 0.3.4 内でDockerをちゃんと使いたい
    • VM上では名前解決ができない、$ dig google.com がエラー
      • どなたか対処方法をご存じですか?
    • /var/lib/docker/ を別の場所に移動
      • /etc/default/docker で DOCKER_OPTS="-g /disk/reference/docker"
  • CWLについて素朴な質問
池田
  • 「はじめての CWL」を書く
  • Pitagora-galaxy Version 0.3.3 を VMware Fusion Version 8.5.8上で利用する方法

https://drive.google.com/file/d/0B1SHqOAfx8z7UkI3amdyRG5JZ28/view?usp=sharing

那須野
  • 「はじめての CWL」のレビューから参加。