Meetup 2017-11

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年11月10日(金)
  • 場所: 国立情報学研究所 1903 会議室 (19階)
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

全体
山中
大田
  • try の脆弱性対応、dockerツール起動のテスト
  • DBCLS galaxy ローンチ中
    • 雑にツールの移植ができるか試してみる
      • eduroamのポート制限でサーバに入れないのでなにもできませんでした^q^
  • Platanus の galaxy tool 化
丹生
  • CWL のコミッタになった
  • Emacs での CWL の編集サポート用関数を書いていた
  • CWL のリポジトリの改良アイデアを石井さんと相談していた
    • User guide のサンプルは動作確認されているべき!
    • Travis とかでテストされてほしい
新海
  • Biohackerthon開発結果のpitagoraVM(ローカル)への移植と修正など
  • 謎のエラーに遭遇? "An error occurred An error occurred while updating information with the server. Please contact a Galaxy administrator if the problem persists."
  • 分生までに作業を進めておく
石井
  • はじめてのCWL、サンプルを追加、ドキュメント修正
  • バイオハッカソンでやることを幾つかきめた(多言語対応、seleniumテスト、可能ならパッケージング)
  • Advent Calender を立ち上げた CWL Galaxy
  • NIIの「オンデマンドクラウド構築サービス」の説明を那須野さんより受ける
那須野
  • NIIの「オンデマンドクラウド構築サービス」について、大田さんと石井さんに説明しました。
  • 次回Meetupでのハンズオン用素材(Galaxy + SLURM クラスタをお手軽に作成する)の準備。
    • (とりあえず重要な点だけメモ)
    • Galaxy は bgruening/galaxy-stable イメージを利用。
    • 起動オプション NONUSE=nodejs,proftp,reports,slurmctld,slurmd,condor を指定
    • samtools を apt-get install で追加(結果データにBAMファイルがあるとエラーになるため)
    • /export/slurm.conf を別途用意して munged と slurmctld を再起動
    • SLURMクラスタはホスト名解決が必須なので、クラスタ内部向け DNS を Consul で稼働(固定IPにできる環境ならhostsに書けばよい)
    • SLURM Compute node は docker-galaxy-stable で提供されている Dockerfile を利用
    • 詳細は 12/4 meetup のハンズオンにて。
  • TODO 分生の発表内容を丹生さんとすり合わせる!
    • 複数のクラウド上に Galaxy 環境を構築する / クラウド上で Galaxy を利用する
池田
  • Galaxy Advent Calendar に参加 (データファイルの加工を中心とした内容を予定)
  • 各項目の概要をQiitaの限定共有投稿を利用して登録 当日迄に内容を更新するぞ!!