Meetup 2017-12

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2017年12月4日(月)
  • 場所: ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 教室 (柏ラボ: http://dbcls.rois.ac.jp/access)
  • 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-17:00 ツールの開発
13:30-14:45 分生フォーラムの予行
15:00-17:00 VCPによるGalaxyデプロイハンズオン
18:30-19:00 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

分生フォーラムの予行 13:30〜

「統合データ解析環境 Galaxy を使った再現可能なデータ解析」

こちらの内容です http://www.aeplan.co.jp/conbio2017/japanese/program/forums.html

VCPによるGalaxyデプロイハンズオン 15:00〜

VCP (Virtual Cloud Provider) はNIIが開発しているソフトウェアで、 Dockerコンテナを利用してクラウドでのアプリケーション環境構築を支援します。 本ハンズオンでは、VCPの機能や簡単な操作方法について説明するとともに、 Jupyter NotebookベースのGalaxy環境構築手順書をもとに、 AWS上にGalaxyのフロントエンドとバッチキューイングシステムで構成される Galaxy実行環境を構築していきます。

全体
山中
  • 分生に向けてフレンドリーなスライドを作りました
  • Advent Calendar ひとつめ書きました
大田
  • Platanous の tool conf を書く
  • DBCLS galaxy のセットアップを完了させたい


丹生
那須野
  • VCPハンズオンにご参加いただいた皆様、ありがとうございました!
  • 分生のスライド作成しました。
  • Galaxy Adventカレンダーは未 (12/18)
鈴木
新海
  • スライドの準備とかしてました
  • 分生までにもう少し修正等しておきます
池田
  • ConBio2017 プレゼンテーション資料作成
  • VCP ハンズオン
    • Jupiter Notebookを利用したサーバーノードとクライアントノードの構築
    • NIIによるGitリポジトリ https://github.com/NII-cloud-operation セルの出力結果を必要なだけ一次保存して差分を比較できるのが素晴らしい!!
石井
  • CWL ユーザガイドに関しての問題があるところについて、プルリクエスト、issueを立てた。
  • ハンズオン参加
  • Galaxy Advent Calendarの、参加者を募集して、全部うめることができた。
  • Galaxy と CWL 連携について、ドキュメントがあるか、gitterで問い合わせ中
諸橋

ようこそ!

宮本

ようこそ!

浅井

ようこそ!

白瀧

ようこそ!

竹房

ようこそ!

羽鳥

ようこそ!

政谷

ようこそ!