Meetup 2018-03

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年3月7日(水)10:00 〜 19:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)
  • 連絡先: 山中 ryota.yamanaka [at] oracle.com, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)

内容

全体
大田
  • BOSC/GCC に持っていくブツのための色々
    • やりたいこと
      • GalaxyやCWLでコンテナをがんがん動かすのでどれくらいリソースを食っているのか調べたい、ワークフローのステップごとなどで分析したい
    • やったこと
    • できた
      • でもこれelasticsearchが結構メモリを食うよね…。
山中
  • すみません、今日は作業できませんでした m(- -)m
  • Pitagora Seminars の connpass グループ を作成しました
  • 来月からリモート参加になりそうですが、もっと作業を進める所存です!
池田

nextflow.configに下記を記述で動作と記述があるが...

udocker.enabled = true
process.container = 'your/docker:image'

色々、問題有り。

丹生
  • CWL でツール定義が書きにくかったり、実行するたびに結果が変わるなど、邪悪なツールが世の中には存在する
    • 撲滅するためのアンチパターン集の叩き台を作成した。
    • リンクは Slack に貼った
      • 誰でも編集可なので、がんがんアンチパターンを集積していきましょう!
新海
那須野
  • 夕方から参加しました。
  • 大田さんの Telegraf + Fluentd + Elasticsearch 構築作業の支援(?)
  • Galaxy で Python 3.6 系のライブラリを使うツールを動かすための安易な解決策
    • 別にインストールしたpythonをツールの command 指定で書く←こちらで解決
    • conda をインストール
  • Galaxy Tool XML のドキュメント記述用 Markup 書式は reStructuredText (RST) でした!
末竹
  • 病み上がりかつ一週間ぶりのネット環境だったため,溜まっていた細々としたことを処理していたら時間がなくなりました。
  • 今月末提出の ECCB 2018 に出す諸々のスクリプトやデータを整理していた。
  • BOSC に出すアブストの草稿を少しまとめた。
浅井
  • peaks2genesの記事を基にPCにて再確認、そして紹介しました。
  • 以下のリンクの記事の翻訳を始めました。

http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/assembly/tutorials/general-introduction/tutorial.html

鈴木
コピペ用