Meetup 2018-04

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年4月13日(金)10:00 〜 19:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)会議室5
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-11:30 ツールの開発
11:30-12:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-19:30 Galaxy Seminar #1 - From peaks to genes
19:30- 有識者会議

内容

全体
大田
  • Pitagora Meetup 昨年度のレビュー、今後の運用と今年の目標について
  • CWL 1.1 draft を確認する http://www.commonwl.org/v1.1.0-dev1/
  • docker-metrics-collector テストしてます
  • 一手詰みGalaxy
    • 候補になるツールや処理のリストアップ
    • パッケージングの手順をまとめてひとつずつquickに固められるようにする
      • Rscript を書く
      • Rscript を走らせるだけの docker コンテナをつくる
        • Docker Hub に登録する
      • コンテナをラップする
        • CWL
        • Galaxy (planemo)
          • toolshed に登録する
落合
  • 自作バッチジョブエンジンのドキュメント整備
  • 自作バッチジョブエンジンのコメント充実
  • 自作バッチジョブエンジンの...
山中
  • 飛行機に乗れなかったので現地参加。来月からはリモート参加予定。
  • 浅井さん翻訳の tutorial galaxy-intro-strands レビュー
  • ツールたちの Docker Container と Galaxy Wrapper メンテ開始
    • これらのコンテナと Galaxy ツールがちゃんと動く(動かなくても同じ環境を共有すればなんとかなる)というのを目指したい
    • ビョルン Docker Galaxy にこれらをインストールしてワークフローを実行するところまでスクリプト化したい(必要に応じて VM 作成)
浅井
中岡
  • メタゲノム解析を中心に、これまで開発したスクリプトを Docker / Galaxy 実装するための下調べ
    • 最新の状況を聞けて大変役に立ちました。大田さんはじめ皆さん、ありがとうございました。
      • 実装を予定しているツールのほとんどは bioconda で install が可能のようなので、まずは既存プログラムを bioconda でインストールしたツールで実装して動作確認を行う。その後、Dockerfile を作成していく (菅波さんと進める)


石井
  • CWL に対応した Galaxy について話をした
  • 解析ツールをdockerで実行したときのメトリクスの収集方法について、大田さんに教わった docker-metrics-collector
那須野
  • CWL対応版Galaxyの調査
    • https://github.com/common-workflow-language/galaxy.git
    • dev ブランチで起動できた。
    • lib/galaxy/tools/cwl/ 辺りを中心に見ているが、まだよくわからない。
    • cwltool, schema_salad のライブラリを使っているようだが…。
    • cwl-1.0 ブランチにあって dev で消えたテストコードを持ってきて動かしてみる。
丹生
  • cwl-inspector をいじっていた
    • SRX ベースのワークフローエンジンが動き始めたので、cwl-inspector を改良することで conformance test を通していきたい
    • cwl-inspector のコードがカオスになりつつある
池田
  • ステッカーのデザインに投票
志波
菅波
  • 中岡さん研究で必要なソフトウェアがBiocondaのパッケージに含んでいるか確認。
  • Galaxy Introduction 講座を受講。
  • 今後の予定(目標)
    • 中岡さんと同じく、Dockerfile を作成していく。
    • Galaxyについて復習

大田さん山中さん浅井さんをはじめ、みなさまありがとうございました。

新海
  • 実装予定パイプラインのGATK4版が、ちゃんと動作するのか非Galaxy環境にて確認
  • Picardその他の周辺ツールもGATK4に組み入れられていたので、そのかたちで記載
  • 後段処理(EAGLE)についての実装も行いたい
コピペ用