Meetup 2018-05

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年5月10日(木)10:00 〜 19:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)会議室1
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-11:30 ツールの開発
11:30-12:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-19:30 Galaxy Seminar #2 - Introduction to Genomics and Galaxy
19:30- 有識者会議

内容

大田
石井
  • GalaxyにOWASP ZAPをかけてみた
    • OWASP ZAP に関する記事執筆中
  • Galaxy Meetup_2018-05 で得られた知見 - HackMD
    • Galaxy Training の最初でつまづいたときの対処方法
    • データライブラリにつっこんであるたくさんのfastqをまとめて1つとして扱いたいとき
    • Galaxyの設定ファイルの、sampleの話
志波
新海
  • docker版galaxyをいじる為の基礎的な勉強を行ってました
  • やりたいこと:dockerイメージとして自分の実装したツールを組み込んだものを配布したい
  • 記事の操作をいろいろとなぞる
  • 作業履歴はいずれそのまま記事にできたら良いなぁと
池田

Galaxy ipythonの環境を実行する  志波さんありがとう。しかしまだちゃんと動かない

Planemo をDocker 環境で実行[1]

浅井
田中(さ)
末竹
福与
熊谷
  • 見学
那須野
  • Galaxyツールのデプロイ等に関する相談(末竹さん)
  • 再構成システムに関する相談(大田さん、丹生さん)
丹生
  • 太田さん、那須野さんと再構成の次の一手を相談
  • schema salad の issue 172 の3番目を倒そうとして挫折
    • codegen オプションを使うと、CWL をパースしたオブジェクトを返す Python コードが得られる
    • #172 の 3 番目は、codegen で作成したコードはメタデータに対応していない、というもの
    • 挫折理由: 現状の schema-salad の codegen では、qualifier 周りのコードがそもそも存在しない
      • 全部実装する必要がある…
  • あきらめて自作ワークフローエンジンをいじっていた
鈴木
小寺
  • 有識者
田中
  • 見学
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