Meetup 2018-06

From Pitagora-Galaxy Wiki
Jump to: navigation, search

Main Page >> Events >>

主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年6月7日(木)10:00 〜 19:00
  • 場所: 株式会社アスケイド(東京都新宿区矢来町114 高橋ビル)

http://www.ascade.co.jp/corporation/map.html

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-11:30 ツールの開発
11:30-12:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-19:30 Galaxy Seminar #3 - 16S Microbial Analysis with Mothur
19:30- 有識者会議

内容

大田
那須野
  • 先日、とある環境で Galaxy Training の Quality Control のワークフローを Galaxy 環境にセットアップする機会がありました。
    • https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/quality-control/tutorial.html
    • ワークフローを構成するツールは FastQC と TrimGalore
    • TrimGalore は bgruening 氏が ToolShed に登録していたものを採用。→ ツール定義 XML とテストデータのみで構成、本体は別にインストール →/usr/local/binへ
    • trim_galore は内部で cutadapt が必要で、これも ToolShed からインストールした。→ しかし! trim_galore から cutadapt への PATH が通ってないので実行できない。
  • 【解決策】cutadapt の env.sh を trim_galore.xml で trim_galore コマンドの前に読み込むようにした。
    • 他の解決策としては、 cutadapt を ToolShed ではなく個別にインストールするほうがよいかも。
浅井
丹生
  • SRX ベースのワークフローエンジンの開発中
    • エラーハンドリングの処理を追加した。
    • サブコンポーネントの cwl-inspector を改良し、CWL の準拠度を若干上げた。
   15 tests passed, 69 failures, 47 unsupported features
    • cwl-inspector の破綻が近い
新海
  • 一日中galaxy_dockerいじってました。
    • というかGATK4のインストール関連をひたすらやってました。
      • 普通のgalaxyはdocker版GATKが普通に動いたが、docker版はbiocontainerじゃないと受け入れないとか色々面倒が
      • broadはGATK4版はcondaでインストールを推奨しているがそれをdocker内環境とどう同居させるかとか色々面倒が、ついでに肝心のその設定ファイル(gatkcondaenv.yml)が今日は何故かnot foundとかさらに色々面倒が
  • 石井さんからの情報:gatk3.4 はbiocontainerにあるので、docker in docker版はそちらでインストールテストもできるかも。
  • 那須野さんからの情報:galaxyは自分でvenv動かしてる。
池田
  • Planemoを利用した一手詰め環境の構築
    • 方針を決定
    • R の環境はdocker imageを利用
      • Rの呼び出し部はCWLを利用
鈴木
菅波
  • 中岡さんと同じく、Docker で利用する OS について、有益な情報をもらった。Ubuntu で開始し、小さいDockerの作成を目指す。
  • 中岡さんHandbook Statistics 作業のお手伝い。
中岡
  • Docker で利用する OS について、有益な情報をもらった。Ubuntu で開始する決意がついた。R bioconductor を多く利用したパイプラインは、もう少し考えてみる。
  • スケジュールが切迫しており、Handbook Statistics の chapter の赤ペンを入れる作業を行っていた。
石井
  • dockerfileの書き方などについて、コメントをよせた
  • Galaxy の、トレーニングマテリアルのチェックに参加
  • CWLのconformance testについて、議論した
山中
  • 少しだけ浅井さんのお手伝い