Meetup 2018-07

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年7月5日(木)10:00 〜 19:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)会議室3
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-11:30 ツールの開発
11:30-12:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-19:30 Galaxy Seminar #4 - 16S Microbial Analysis with Mothur Part.2
19:30- 有識者会議

内容

大田
  • 生きて日本に戻った
    • 時差ボケでしんどかったので寝ないようにずっと喋っていた
    • 東海林さんからFPGAのお話を聞いておもしろかった
    • 時代はWDL
  • GCCBOSC の情報共有をしたりしました
    • cwl-metrics の動かし方を那須野さんに伝授した
    • Training material の translation について共有
  • 菅波さんの docker container 化のお手伝い
石井
  • Galaxy のトレーニングマテリアルの、翻訳方法についてコメントをした
  • yacleの実装を少し進める
東海林

初顔合わせということで、自己紹介をさせていただきました。

意見交換とCPU,GPU,FPGA,ASICの違いなど計算機についての初歩の説明をしました。

鈴木
那須野
  • 大田さんの https://inutano.github.io/cwl-metrics/ のハンズオン
    • 併せて、ワークフロー実行履歴の可視化についても議論、アドバイスをいただいた。
  • IIBMP2018 の演題を志波さん、丹生さんと検討。
菅波

中岡さん研究で使用する解析用のdockerfileを作成。(一部) [イメージ:ubuntu ・sratoolkitをダウンロード ・pythonで解析 ] 大田さんに確認していただき、修正の上より良い書き方を教えていただきました。ありがとうございます。 教えていただいた方法も取り入れて仕上げたいです。

丹生
  • 大田先生、那須野さんとワークフロー実行の可視化、メトリクスに関する議論
  • IIBMP 2018 のタイトルと内容に関する相談
  • cwl-inspector の書き換え中 (refactor ブランチ)
    • JSExpression のパース部分は完了
      • 結局ほぼ完全な JS のパーサが必要
      • 現状で、コード全体の約2割を占める。つらい。
    • docker のボリュームマウント周りができればほぼ完了
    • job file のフォーマットに関する仕様が存在しない?
      • File, Directory の仕様はあるが、enum/dependent/exclusive param の仕様がない
浅井
志波
新海
  • IIBMP2018についての相談
  • 志波さんと那須野さんからdocker in dockerに関してのヒントを頂いたので実装テスト
  • docker in docker 非使用でのgalaxy内gatkの動作はうまくいった
    • buildして配布できるようなかたちにはなりました
  • 後でqiita書きたい
山中
池田

Galaxy tool の XML関してQiitaに投稿

Galaxy toolのXML schemaについて(https://qiita.com/percipere/private/1d386f2f396e534cd49d)

EOF