Meetup 2018-08

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年8月6日(月)10:00 〜 19:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)会議室5
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-11:30 ツールの開発
11:30-12:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30- 有識者会議

内容

大田
  • Pitagora の紹介など
  • CWL-metrics のログデータを整理したり共有したり
  • CWL で書いたワークフローが順調に動いたり動かなかったりしている
  • 論文をかき揚げ
末竹
  • そこそこ有名な bioinfo tool の shell の install script を延々と書いてた。
  • Docker container の軽量化を手伝った。
小坂
  • サービス開発の調査
  • 大田・山中にヒアリング
佐藤
  • ゲノム解析のツールに何があるか。また、推奨されている/されていないツールなど。
  • ツールのパイプライン自動作成のための手段。GALUDAサービスを使うと良いそうだ。
  • プログラミング言語の話題。Proof SummitやML Day, ProofCafeやCoqの勉強会などの情報を提供した。
那須野
  • IIBMP2018に参加登録しました。
  • 大田さんから CWL-metrics で取得したデータを共有させていただき、Elasticsearch の migration 作業を完了。
  • 石井さんからオンデマンドクラウドサービスの使い方でフィードバックをいただきました。
新海
浅井
池田

Galaxy toolのXML schemaについての続編

丹生
  • 茶ひよこを届けに来た
  • 佐藤さんに D 言語のアピールをした
  • ワークフローエンジンいじり
    • 現状: 31 tests passed, 61 failures, 40 unsupported features
    • 残り (大きくて見えているもの)
      • enum 対応
      • extension 対応
      • foo.cwl#bar 対応
      • 入力無しで動くワークフローステップ対応
石井
松尾
  • 有識者会議に参加する目的で、少し早めに来てみました。
  • 社内の業務用にGalaxyサーバ立てて使ってます。そのDockerイメージを使って色々試してます。
  • DRY解析教本をなぞってやってみているところ
  • 必要なツールをTool Shedで入れている
中岡
  • 教えを請いに来た
    • Docker の軽量化など
    • 腸内細菌について話をした (よかった)
菅波

作成したdockerイメージ(vsearch)の軽量化についてご相談→ 末竹さんがAlpineベースで作り直していただきました。ありがとうございました。conda周りが重いので、from alpine-javajdk等からインストールが良いかも とのことですので、後ほど自分でも動作確認もしつつ試してみたいと思います。 https://hub.docker.com/r/petadimensionlab/docker_16s_vsearch/

iibmp2018用に作成したスライドについて大田さんにご相談→問題点・まとめをもう少し増やす(dockerを使わなかった場合の苦労等)

鈴木(ひ)
  • Introduction to Genomics and Galaxyを使ってgalaxyについて色々教えてもらった
  • 多くの人と繋がりができた(とてもよかった)
山中
  • Wrap-up only
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