Meetup 2018-09

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年9月3日(月)10:00 〜 19:00
  • 場所: 日本オラクル(外苑前)* 詳細はメール等で個別にご案内致します。
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp / 山中 ryota.yamanaka [at] oracle.com
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-12:30 ツールの開発
12:30-13:30 ランチ
12:30-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30- 有識者会議

お茶室の見学もあるかも

Aaa.jpg

内容

大田
  • コラボレータに docker + CWL のワークフローを渡して動かしてもらっている
  • 論文の図を描いている
    • 再現性の高い図 (diagram) の描き方がほしい
    • パワポとかイラレとか二度と同じ図が書けないツールを使いたくない
  • 色々な方とお話をした
  • 茶室を見た
菅波
  • 本日も作成して来た、スライドを大田さんに確認していただき、修正。
    • →URLの記載場所の変更・vsearchの仕組みについてを修正。最後の考察と今後についても追記要かも。
  • 発表のリハをさせていただき、不要な点・必要な点(質問されるであろう点)についてご指摘いただきました。
    • →なぜvsearchを選択したのか。そもそも細菌叢解析ツール三種類(QIIME・Mothur・vsearch)の記載は必要か。について再度検討する。  
    • →dockerの説明について、イメージの部分は不要かも??言い回しによって回避・もしくは削除なり変更なりし概要のみの説明とする。  
    • →最後の考察と今後(2枚目)について  自分の目標ではなく、他者(聴衆)への”ご提案例”に変えてみる。(例:docker使えないかたへ。Google Colaboratoryはどうでしょう?)
  • みなさま。ありがとうございました。もうすこし修行して参ります。
  • 茶室みました。オラクル感動しました。
佐藤
  • galaxyの操作で分からなかったことを質問しました
    • 例1:データの削除操作(これ、以外と分かりにくい...)
    • 例2:galaxyからworkflowの操作・あるいはgalaxyのhistoryからworkflowの抽出など
  • 参加者の持参しているPCのOSを確認した(13/14人macだった)
  • tophatとhisat2と出力結果が大きく違う理由を質問
  • 山中さんと、これからの仕事・業務に関することの相談
那須野
  • IIBMP2018 発表の準備「Galaxyをユーザに提供する > クラウド環境でGalaxyを利用する」
  • ワークフローの実行履歴の可視化ツール(実行時間、クラウド料金を比較できて、Kibana Visualizeと連携)の成果物を大田さんに見せた。
山中
  • IIBMP に行けることになった!
鈴木ひろあき
  • galaxy: A-Asai/training-material のチュートリアルを完了した
  • cwl: pitagora-galaxy/cwl でhello worldまで
末竹
  • 茶室を見た
浅井
池田
  • iibmp2018の発表内容検討...
  • 東海林さんと意見交換
東海林
落合

- iibmp2018のセッション内容のすり合わせ

鈴木治夫
藥師寺
  • クラウドについて学んだ
山口
  • cwltool をビルドしたが動かない
コピペ用