Meetup 2018-10

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年10月1日(月)13:00 〜 18:00
  • 場所: 理研 革新知能統合研究センター(日本橋)会議室5
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

13:00-18:00 今日の作業確認、ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00- 有識者会議

内容

大田
佐藤
  • RNA-seqでmapping時にhisat2とtophatを使った場合、結果が違う理由を太田さんに(詳しく)教えてもらった。
    • 結論:アルゴリズムが違うのだから結果が違うのは当然。とりあえずhisat2の方の結果を見よう。
    • tophatの結果が何故だめなのかはしっかりと調べた方が良いそうだ(→宿題にします)
  • mappingとalignmentの違い、調べたけど分からなかった...(誰か教えてください)
  • ナノポアシーケンサーのこと、少し質問できたのが嬉しかったです。
中岡
  • (飛行機が飛ばなかったので幸運にも参加できた)
浅井
池田
志波
  • New member へのGalaxyへのツール実装手順の紹介
  • QIIME2のGalaxy wapper を見つけて Docker Galaxy へインストール
  • XMLではqiime2をbioconda経由でインストールしようと試みているが、qiime2はbiocondaにないので失敗
  • Dockerコンテナにログインして /tool_deps/_conda/bin/conda env update --name __qiime2@2018.4 --file qiime2-2018.4-py35-linux-conda.yml でインストールしたらうまくいくはず(検証中)
秋本
  • Bedtoolsの使用方法の調査
  • 入力のbed/gtfは sort -k1,1 -k2,2n でソートする必要がある
  • Bedtoolsが想定するソート後のchrの順序は、chr1, chr11, chr2, chr22, ... の並び
鈴木治夫
  • アダプター除去の必要性
菅波
  • ここに来る前にiibmp2018のスライドをQiitaにUPしてみました。
  • 中岡さんとミーティング(RNAseqについて直面している解決法と今後に課題について)
  • 先週せっかく作成したRスクリプト(ベン図作成)が消えたので書き直し&改良&動作確認
  • フェレットとカニクイザルのゲノムインデックスの作成方法についてQiitaに下書き
山口
  • Oxford Nanoporeについて
    • Nanoporeの出力する形式fast5について調べた。poretoolsで、fast5をfastqに変換できることを知った。
  • keggについて
    • organismsでデータを絞り込む方法について調べた。見つけられず。