Meetup 2018-11

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2018年11月2日(金)10:00 〜 19:00
  • 場所: 国立情報学研究所(神保町)2208 会議室(22F)
  • 連絡先: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-13:00 ツールの開発
13:00-14:00 ランチ
14:00-17:00 ツールの開発
17:00-17:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
17:30-18:30 Galaxy Seminar #5
18:30- 有識者会議

内容

大田
丹生
  • cwl-metrics-client をいじっていた
    • ES にクエリを投げる回数を `workflow メトリクス中に現れるcidの出現回数*3` から 2回に減らした
    • 入力ファイルのサイズが入っている `input_files` に出力ファイルのサイズも混じっている件を大田先生に相談
  • cwl-metrics-client を使って ML ベースのワークフローの再構成アルゴリズム部 (AS core) を完成させた
    • 次に実行するコンテナ名と入力ファイルサイズを使ってそれらしいメモリ使用量を予測する
石井
  • Pitagora Galaxy wiki の編集のコンフリクト問題がついに解決されていた。ありがとうございます
  • アドベントカレンダーをやったらいいのではないかと、提案(とりあえず2つ、Galaxyと、CWLか、ワークフローかreproducibility)
 * Slackなどで、呼びかけていく予定
  • バイオハッカソンでの作業などを検討(CWL in Galaxyとか、GalaxyやCWLなど含め、Multilingalization関連)
佐藤
  • 本社で行う予定の新規テーマに関する資料をまとめた(galaxyに関係ない)
  • Docker for Windowsが動かない理由の相談をした
    • ちなみに、Windowsでgalaxyを動かしたい時は、WSL上でgalaxyサーバーを動かすと便利です(実証済み)
浅井
那須野
  • Galaxy Workflow 実行時の各ステップ毎のDockerコンテナメトリクスをTelegrafで取得して、Elasticsearch に流すシステムに関する作業
  • Telegraf のバージョンが 1.5.0 から 1.8 に上げたらデータ構造が変わっていたので、Kibana Visualize まわりをそれに合わせて対応。
新海
池田
  • Coq について調査
    • とりあえず読みやすい https://www.iij-ii.co.jp/activities/programming-coq/
    • ソフトウェアの基礎(beta)http://proofcafe.org/sf-beta/
    • 証明駆動開発というパラダイムが有る : テスト駆動開発ではそもそもテストケースを全て列挙できるかどうかという問題があるが、証明駆動開発なら正しい事が証明されているので、プログラムが正しく動作する事がわかる。
  • 12/3 のmeetup の打ち合わせ
    • 参加者数はおそらく10名以内と想定
    • 後ほどslackの投票で人数確認
鈴木ひろあき
  • GalaxyTrainingのMetagenomicsをやろうとしてIntroductionを読んでいたら終わった。

  https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/metagenomics/

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