Meetup Mini 2015-03

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年03月26日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発

(講堂接続確認:15:00-16:00)

18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)

内容

前回振り返り
山中
  • Variant Calling(w/ 新海さん)
    • ワークフロー化する部分を決定 Admin Variant Calling 01
    • これからやること
      • いただいた Wrapper を Tool Shed に登録
      • GATK を取ってきて、いただいた Wrapper を動作確認
      • GATK を取ってくる Dependency Package を作る?
      • テストデータを新海さんに用意してもらう
  • Sailfish(w/ 芳村さん)
    • Sailfish の Dependency をつくった Admin RNA-seq 02
    • これからやること
      • 芳村さんの Wrapper に Dependency Package を参照させる
      • 芳村さんの Wrapper を Tool Shed に登録
      • 芳村さんの Workflow を動作確認
      • テストデータを芳村さんに用意してもらう
  • ChIP-seq(w/ 仲木さん)
    • Sicer をインストール、動作未確認、これに従ってやる
    • モチーフロゴを表示する JavaScript いつか作れたら嬉しい
中岡
  • 前回から現在まで: 公共データから時系列 FASTQ データを取得して Tophat/bowtie2 で bam を作成
  • 前回から現在まで: bam2readcount | edgeR | enrichment / PPI / heatmap / time-course plot visualization のあたりの script を連動させ、実際に Galaxy 上で動くことを確認する作業を行った。
    • read count ファイル群をアップロードして、zip に固めて処理する方針にしている。その script を除いて、全て完成して動作確認を行った。
    • 加藤さんに workflow の作成をして頂いた。
  • Galaxy とは少々話がずれるが、理研 IMS で、RNA-seq/ChIP-seq 用 webpage (RefDIC) 開発者である土方さん、当時のラボボスの小原先生に RefDIC 仕様の公開は OK であるという了承をもらったので、芳村さんとお話したときに RIKEN 和光の cloud でもし活用・参考にして頂く分には問題ないということになった。
  • 今後やること: workflow の解説を記載、Tool dependencies の記載 (個人用 Evernote に書いているので、基本はその記事を転用する)、パワーポイントプレゼンテーション資料の作成、ToolShed repository を介した software の登録
加藤
  • wikiのTopページのダウンロードアイコン変更
  • ワークフロー図関連
    • レイアウト:幅は800px固定、2段組にして、左にテキスト、右にフロー図(幅400px)で変更していく(作業中)
    • メタ情報については、各ワークフロー図作成後に修正して掲載。現段階では削除。
    • 長崎さんに情報提供のご依頼
    • 芳村さんにページ更新依頼
  • 講堂レイアウトの確認(配置図案作成)
  • 初期登録者に懇親会の参加確認メール
新海
  • 今後の作業内容について情報交換と確認
  • まずは調達版galaxyをきちんと動かせるよう調整を続ける
長崎

https://p-galaxy.ddbj.nig.ac.jp/workflow/list_published のHLA2 Workflow (alpha)
途中終了のバグとれてるかチェック中。
テスト用データ場所>> https://sites.google.com/a/g.nig.ac.jp/p-galaxy-help/home/howto/hosomichi-hla-analysis-tools#TOC-K-0328_S66_L001_R1_001.fastq-forward-and-K-0328_S66_L001_R2_001.fastq-reverse-

参加者

  • 山中(先端研)
  • 加藤(理研IMS)
  • 新海さん(産総研)
  • 中岡さん(理研IMS)
  • 長崎さん(遺伝研)
  • 仲木さん(先端研)