Meetup Mini 2015-04

From Pitagora-Galaxy Wiki
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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

  • 日時: 2015年04月23日(木)
  • 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
  • Skype ID:pitagora-network(最新バージョンの使用を推奨)
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 タゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発

(講堂接続確認:15:00-16:00)

18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)


内容

前回振り返り
山中
  • VM 0.2.3 をリリースしました
  • 会場の無線LANの設置作業
大田
  • ワークショップでのトーク「データ取得ワークフロー by 大田」は「FANTOM5ワークフロー by 那須野さん」になりました
  • ハンズオンについて
    • まず概要を説明する
      • 作ってる人たち
      • できること
      • どのように動いているか
    • デモを動かしてもらう
      • AWSのインスタンスを予めいくつか立てておいてそのURLにアクセスしてもらう
        • ユーザ登録をしてもらう
        • サンプルデータを読み込んでもらう
        • ワークフローを流してもらう
    • インストールをしてもらう
      • Virtualboxのインストール
      • ピタゴラのインストール
      • 起動してみる
  • ワークショップの来場者アンケートつくってます
    • 聞いてみたいことがあれば教えてください
加藤
  • 各ワークフロー図の修正と作成(ChipSeq 03, Valliant Calling02, BS-Seq, Cage)
芳村さん
  • 発表スライドを作成
    • チェックをお願いします > オーガナイザーの皆様
    • 二階堂さんにも同時進行でチェックしてもらっております(一度見せているので、だいたいOKなはず)
新海さん
  • ワークフローは載せないことになりました
  • 発表スライドを作って頂いています!
那須野さん
  • FANTOM5ワークフローの発表内容について大田さんと詰めました。私のほうでスライドを作成し、レビューしていただくことになっています。
長崎さん
  • HLAツール移植用セット 準備しました。
  • Tool Shedで上げられるように今後用意。
  • ワークフロー図はもうチョイであげます。すみません。スライド準備し始めます。
斎藤さん
  • 宿題で BS-Seq 01 がほとんど完成
  • BS-Seq 01のWikiページに説明を追加
  •  BS-Seq 01のワークフロー図の下書きを作成
  • AWS での大規模テストに使うデータについて検討。前に自分の論文で使用した Breast cancer と Normal breast の WGBS データを SRX062003, SRX062004 にする予定。サイズはヒトゲノム 30--40X くらい。
  • commet を大規模データへ適用するために必要なオプションを Galaxy の方では有効にしていなかったので、GUI から設定できるように tool を更新する必要がある。

参加者

  • 山中(先端研)
  • 大田(DBCLS)
  • 加藤(理研IMS)
  • 芳村さん(理研ACCC)
  • 新海さん(産総研)
  • 斎藤さん(産総研)
  • 那須野さん
  • 長崎さん(遺伝研)*Skype
  • 鈴木さん