Orione-live-supplement

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Galaxyで微生物NGS解析を実行するOrioneの主たる機能(リード配列の前処理、細菌の再シーケンシング、de novoアセンブリ、RNA-Seq、メタゲノム・メタトランスクリプトーム)を網羅したワークフロー。

Workflow #1 - Preprocessing

W1 - Pre-processing | Paired-end

W1 - Pre-processing | Paired-end | E coli DH10B MiSeq

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Escherichia coli"内の下記項目に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
E coli DH10B MiSeq R1.fastq
E coli DH10B MiSeq R2.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W1 - Pre-processing | Paired-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W1 - Pre-processing | Paired-end" をRun
  • 下記項目を選択し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 ForwardReads
  E coli DH10B MiSeq R1.fastq

Step 2: Input dataset
 ReverseReads
  E coli DH10B MiSeq R2.fastq

W1 - Pre-processing | Single-end

W1 - Pre-processing | Single-end | B suis HiSeq2000

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Brucella suis"内の下記項目に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
B suis HiSeq2000 SE.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W1 - Pre-processing | Single-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W1 - Pre-processing | Single-end" をRun
  • 画面下部の"Run workflow"ボタンを押す。


Workflow #2: Bacterial re-sequencing

W2 - Bacterial re-sequencing | Paired-end

W2 - Bacterial re-sequencing | Paired-end | E coli DH10B MiSeq

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Escherichia coli"内の下記項目に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
E coli DH10B - Reference
E coli DH10B MiSeq R1.fastq
E coli DH10B MiSeq R2.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W2 - Bacterial re-sequencing | Paired-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W2 - Bacterial re-sequencing | Paired-end"をRun
  • 下記項目を選択・記入し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 Forward Reads
  E coli DH10B MiSeq R1.fastq

Step 2: Input dataset
 Reverse Reads
  E coli DH10B MiSeq R2.fastq

Step 3: Input dataset
 Reference Genome
  E coli DH10B - Reference

Step 10: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb
  4.686137

Step 12: SSPACE (version 1.0.7)
 Insert size
  550

 Variability (e.g. 0.25 for 25%)
  0.25

Step 15: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb:
  4.686137

Step 16: Prokka (version 1.4.0)
 Fast mode (--fast)
  ✔️

W2 - Bacterial re-sequencing | Single-end

W2 - Bacterial re-sequencing | Single-end | B suis HiSeq2000

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Brucella suis" に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
B suis HiSeq2000 SE.fastq
B suis - Reference genome
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W2 - Bacterial re-sequencing | Single-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W2 - Bacterial re-sequencing | Single-end"をRun
  • 下記項目を選択・記入し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 Reads - Single-end
  B suis HiSeq2000 SE.fastq

Step 2: Input dataset
 Reference Genome
  B suis - Reference genome

Step 10: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb
  3.315175

Step 15: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb:
  3.315175

Step 16: Prokka (version 1.4.0)
 Fast mode (--fast)
  ✔️


Workflow #3: Bacterial de novo assembly

W3 - Bacterial de novo assembly | Paired-end

W3 - Bacterial de novo assembly | Paired-end | E coli DH10B MiSeq

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Escherichia coli"内の下記項目に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
E coli DH10B MiSeq R1.fastq
E coli DH10B MiSeq R2.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W3 - Bacterial de novo assembly | Paired-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W3 - Bacterial de novo assembly | Paired-end"をRun
  • 下記項目を選択・記入し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 Left/Forward FASTQ Reads
  E coli DH10B MiSeq R1.fastq

Step 2: Input dataset
 Right/Reverse FASTQ Reads
  E coli DH10B MiSeq R2.fastq

Step 14: CISA Contigs Integrator (version 1.0.1)
 Expected Genome Size (bp)
  4686137

Step 15: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb
  4.686137

Step 17: Prokka (version 1.4.0)
 Fast mode (--fast)
  ✔️

W3 - Bacterial de novo assembly | Single-end

W3 - Bacterial de novo assembly | Single-end | B suis HiSeq2000

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Whole genome - Brucella suis"内の下記項目に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
B suis HiSeq2000 SE.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W3 - Bacterial de novo assembly | Single-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W3 - Bacterial de novo assembly | Single-end"をRun
  • 下記項目を選択・記入し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 Reads - Single-end
  B suis HiSeq2000 SE.fastq

Step 12: CISA Contigs Integrator (version 1.0.1)
 Expected Genome Size (bp)
  3315175

Step 13: Check bacterial contigs (version 0.0.1)
 Estimated genome size in Mb
  3.315175

Step 15: Prokka (version 1.4.0)
 Fast mode (--fast)
  ✔️


Workflow #4: Bacterial RNA-Seq

W4 - Bacterial RNA-Seq | Single-end

W4 - Bacterial RNA-Seq | Single-end | Listeria monocytogenes

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"RNA-Seq - Listeria monocytogenes"に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
Listeria_monocytogenes_EGD_e_uid61583/NC_003210.fna
Listeria_monocytogenes_EGD_e_uid61583/NC_003210.ptt
Listeria_monocytogenes_EGD_e_uid61583/NC_003210.rnt
L monocytogenes_EGD/NC_003210.fastq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W4 - Bacterial RNA-Seq | Single-end" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W4 - Bacterial RNA-Seq | Single-end"をRun
  • 下記項目を選択・記入し、"Run workflow"ボタンを押す。
Step 1: Input dataset
 Reads - Single-end
  L monocytogenes_EGD/NC_003210.fastq

Step 2: Get EDGE-pro files (version 1.0.1)
 RefSeq Genomic Accession ID
  NC_003210


Workflow #5: Metagenomics

W5 - Metagenomics

  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Data Libraries をクリックし、"Orione SupMat"をクリック。"Metagenomics"に✔️を付けて、"Import to current history"を選び、"Go"ボタンを押す。
MetagenomicsDataset.fq
  • Orioneにアクセスし、画面上部の Shared Data -> Published Workflows をクリックし、"W5 - Metagenomics" をimport
  • 画面上部の Workflows をクリックし、"imported: W5 - Metagenomics"をRun
  • 画面下部の"Run workflow"ボタンを押す。


配列データ

B suis - Reference genome
 >gi56968325_chr1  # 2107794 bp # http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/56968325
 >gi_56968493_chr2 # 1207381 bp # http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/56968493
 2107794 + 1207381 = 3315175 bp


参考文献


  • Orione画面右上の歯車マーク(History options)の Create New をクリック。Rename