Presentations/BMB2015

From Pitagora-Galaxy Wiki
Jump to: navigation, search

Main Page >> Admin >> Presentations >>

タイトル

Galaxy Community VM によるNGSデータ解析 (Galaxy Community VM for NGS data analysis)

要旨

次世代シーケンサーの普及により、ゲノム変異や遺伝子発現などのデータを網羅的に計測することが可能になった一方で、シーケンスコストの低下や1細胞単位での計測技術の発達により、データ量の増大、それに伴うデータ解析の人的・計算機的コストの増大が顕著なものとなっている。Galaxyはこのような課題を解決する、大量データの効率よい解析を実現するデータ解析プラットフォームである。Galaxyでは解析ソフトウェアを組み合わせて構築したワークフローの実行、管理、共有、再実行が可能であり、特にNGSデータ解析において広く世界中で利用されている。これを用いて、コンピューターの専門知識を持たない生命科学研究者でも容易にデータ解析ができるようになることが期待されるが、ワークフローの構築や運用には未だ課題が多い。そこで、Galaxy Community Japanでは、これらの課題を解決するため、仮想環境技術を利用したGalaxy Community VMの構築、配布を行っている。本発表では、Community VMの概要と、その利用方法について紹介する。

口頭発表

  • 一般口頭発表
  • セッション名: 4T21L-03 「バイオテクノロジー、新領域、進化 5」
  • 12月4日 12:05-12:15
  • 会場:第21会場(神戸国際会議場 5F 504+505会議室)

ポスター発表

  • ポスター番号: 3P0812
  • 発表日: 12月3日
  • セッション時間:17:45-18:45
  • 会場: ポスター会場(神戸国際展示場 2号館1F)

発表のアウトライン

  • Galaxy について
    • 長所
      • データ解析の 実行/履歴管理/共有/再実行 をサポートする
      • GUI
      • インターネットを通じて結果を共有できる
    • 課題
      • Galaxy 自体の運用管理が困難
        • Galaxy本体のアップデート
        • Tool/workflowのアップデート
        • 新規Galaxyの構築
        • 既存Galaxy環境の再現
      • Galaxyに蓄積された知識が公開されない
        • 各ラボで作成したツールやワークフロー
        • 運用ノウハウ
  • Community VMについて
    • 目的
      • Galaxy環境をよりポータブルで管理しやすい形にする
      • Galaxy環境自体の再現性を高める
      • ラボ間での技術/情報共有
    • 手法
      • 仮想化技術
        • VM
        • Docker
      • Galaxy Meetup
        • 月に一度のイベント
  • 今後に向けての課題
    • ワークフローを充実させる
    • Galaxy実行用クラウド環境の整備
  • meetup参加呼びかけ

発表資料


コメント

  • ここで作成した図表があれば、ウェブサイトの About ページも同期させたいです。
    • 既存の図表をそのまま使っているので新規のfigなどはないですね…。
  • Workshop のことも話す?(2015 やりました。2016 やるかも。)
    • 話しましょう!