Tool bowtie2

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概要

  • Bowtie2
    • HP:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
    • 文献:Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359
    • 特徴:Burrows-Wheeler Alignmentアルゴリズムを応用し、参照ゲノムに対して一致率の高いシーケンスシードを高速でマッピングプログラム
    • 入力:fastqファイル (DNA配列が決定済みで、マッピング位置のわかっていないシーケンスリードの集合データ)
    • 出力:bamファイル (マッピング位置の特定されたシーケンスシード集合のbinaryデータ)