Tool macs

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概要

  • MACS (version 1.3)
    • HP:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/
    • 文献:Zhang et al. Model-based Analysis of ChIP-Seq. Genome Biol, 2008, vol. 9 (9) pp. R137
    • 特徴:数100bpの領域にリード配列が濃縮しピークを形成するデータに対して、ピーク位置を補正し、ポアソンブンプに当てはめ有意なピーク領域を特定する計算アルゴリズム
    • 入力:bamファイル、eland exportファイル (illumina社の提供するマッピングツールCASAVAによって得られたシーケンスリードデータ)
    • 出力:peak bedファイル (有意なピーク領域データで、各列は染色体、開始、終了、名前、シグナル強度を表す)、summit bedファイル (有意なピーク領域におけるピークの頂上位置データ)、wigファイル (Igb、igvでシグナル波形を見るためのテキストファイル)