VirAmp Workflows

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VirAmpは、ウイルス ゲノム アセンブリと変動発見のためのGalaxyサーバー。

Introduction

パイプラインの概要

pipeline_overview.png

データ

  • VirAmpにアクセスし、画面上部の [Shared Data] -> [Data Libraries] をクリックし、

http://viramp.com/library Data library name のHSV_sample_datasetsをクリック。 Name の下記項目に✔️を付ける。

250000reads_1.fastq
250000reads_2.fastq
HSV-reference.fasta	

画面下部の"For selected datasets:"のプルダウンメニューで[Import to current history]を選び、[Go]ボタンを押す。

Usage

One-click pipeline

ワンクリックで、ペアエンド・データとシングルエンド・データを解析するパイプラインを提供。 画面左側の"Tools"における[Entire Pipeline]内の[Paired-end pipeline]か[Single-end pipeline]をクリック

paired_end_pipeline.png


Quality Control

まず、入力FASTQファイルのクオリティの低い塩基をトリミングする。 画面左側の"Tools"における[VirAmp]内のQUALITY CONTROL下の[Trim Sequence by Quality]か[Trim Sequence by Bases]をクリック

trim_qual.png

Diginorm

次に、Digital normalizationを使用して、サンプルのバイアスと変動を低減する。 画面左側の"Tools"における[VirAmp]内のDIGINORM下の[Reduce the coverage]をクリック

diginorm.png

de novo Contig assembly

短いリード配列を長いコンティグにアセンブルする。 画面左側の"Tools"における[VirAmp]内の"DE NOVO CONTIG ASSEMBLING"下のツール([Velvet]か[SPAdes]か[VICUNA])をクリック

de-novo.png

Reference-based scaffolding

コンティグをアセンブルしてスーパー・コンティグにする(AMOScmp)。 画面左側の"Tools"における[VirAmp]内の"SCAFFOLDING"下の[Reference-guided Scaffolding]をクリック

amoscmp.png

Reference-independent scaffolding

スーパー・コンティグを拡張し、SSPACEを使用して接続。 画面左側の"Tools"における[VirAmp]内の"SCAFFOLDING"下の[Scaffolding pre-assembled contigs using paired-read data]をクリック

sspace.png

Gap closing

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参考文献

http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/VirAmp_Workflows